W przedmiotowej sprawie spółka przejęła inne spółki, a następnie podpisała umowy z Narodowym Funduszem Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (NFOŚiGW) w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007 – 013. Otrzymane z Funduszu Spójności (za pośrednictwem NFOŚiGW) dofinansowanie przeznaczane jest przez spółkę na wymianę transformatorów. Jednak warunkiem uzyskania dofinansowania było w pierwszej kolejności poniesienie przez spółkę określonych wydatków.

Spór w sprawie dotyczy tego czy w okolicznościach przedstawionego stanu faktycznego odpisy amortyzacyjne dokonane przez spółkę i zaliczone do kosztów podatkowych w pełnej wysokości przed otrzymaniem dotacji winny zostać skorygowane w dniu otrzymania dotacji. Kwestia samego obowiązku korekty kosztów przychodu nie budziła wątpliwości żadnej ze stron.

Przepisy ustawy o CIT nie zawierają jakichkolwiek wskazówek dotyczących sposobu dokonania korekty, a w szczególności nie dają odpowiedzi na pytanie, czy winna ona dotyczyć tych okresów, w których dokonywano odpisów amortyzacyjnych i zaliczano wydatki do kosztów uzyskania przychodu, czy też korekta winna zostać dokonana za okres, w którym podatnikowi w jakikolwiek sposób zostały zrefundowane poniesione wydatki.

Fiskus przyjął, że spółka w związku z otrzymanymi dopłatami winna korygować koszty przychodu (odpisy amortyzacyjne) wstecz, w rozliczeniach za miesiące, w których pierwotnie zostały uwzględnione w podstawie obliczenia podatku. WSA w Lublinie wskazał, że co prawda ustawa podatkowa przewiduje przypadki korekty rozliczenia w związku z amortyzacją, a nawet określa obowiązek zapłaty odsetek przez podatnika, jednakże łączy to z sytuacją, gdy kwalifikacja rzeczy, jako środka trwałego podlegającego odpisom amortyzacyjnym było konsekwencją woli samego podatnika. W rozpoznawanym przypadku, przyczyna korekty kosztów (odpisów amortyzacyjnych) ma jednak charakter zewnętrzny - zwrot wydatków następuje z NFOŚiGW w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007 – 013.

Dlatego też, w opinii sądu, akceptacja stanowiska fiskusa doprowadziłaby do sytuacji, w której po stronie spółki korygującej wstecz koszty z tytułu amortyzacji, doszłoby do powstania zaległości podatkowych i odsetek od tych zaległości, tak jakby koszty przychodu w poszczególnych okresach były ustalane nieprawidłowo i niezgodnie z prawem. Gdyby więc w rozpatrywanym stanie faktycznym uznać za zasadne stanowisko fiskusa, że spółka począwszy od miesiąca podpisania umowy o dotację, powinna każdorazowo zmniejszać koszty uzyskania przychodów o kwotę (część) dokonywanych odpisów amortyzacyjnych ustaloną w proporcji, w jakiej pozostaje kwota otrzymanego na te środki trwałe dofinansowania do wysokości wartości początkowej tych środków, to należałoby dojść do wniosku, że de facto z tytułu otrzymanych refundacji poniosłaby ona swoistą karę finansową. Korzystając ze środków unijnych poniosłaby sankcję w postaci obowiązku uiszczenia odsetek od zaległości podatkowych, tylko z uwagi na to, że część wydatków została jej zwrócona w ramach zawartych umów o dofinansowanie dopiero po poniesieniu wydatków.

Sąd przyjął więc, że art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT, który obliguje do wyłączenia począwszy od momentu otrzymania dotacji z kosztów uzyskania przychodów tej części odpisów amortyzacyjnych, która odpowiada wartości otrzymanego dofinansowania należy interpretować w ten sposób, że korekty, o której w nim mowa należy dokonać w miesiącu otrzymania tych środków poprzez zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów. Jeżeli zatem zwrot wydatków na nabycie lub wytworzenie środka trwałego powoduje wyłączenie z kosztów przychodów odpowiedniej części odpisów amortyzacyjnych, to skutek w postaci obowiązku wyłączenia (korekty kosztów) powstaje z chwilą zwrotu wydatków (w rozliczeniu za okres, w którym zwrot wydatków został otrzymany). Bez tego (zwrotu) podatnik nie miał i nie ma obowiązku zmniejszenia kosztów z tytułu amortyzacji.

W konsekwencji, zdaniem sądu, nieprawidłowo przyjął organ podatkowy, że spółka w związku z otrzymanymi dopłatami winna korygować koszty przychodu (odpisy amortyzacyjne) wstecz, w rozliczeniach za miesiące, w których pierwotnie zostały uwzględnione w podstawie obliczenia podatku.

Wyrok WSA w Lublinie z 7 listopada 2012 r., I SA/Lu 640/12