Krok 1. Ocena możliwości skorzystania z prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego
Pierwszą i podstawową kwestią, warunkującą w ogóle odliczanie podatku naliczonego jest ustalenie, czy nabywane towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.
Jeżeli bowiem nawet zarejestrowany podatnik czynny świadczy usługi wyłącznie zwolnione z VAT (np. usługi finansowe), to nie będzie mógł odliczyć podatku zawartego w fakturach zakupu. Niestety ponosi on wówczas ciężar ekonomiczny podatku, którego nie przerzuca na konsumenta, ale występuje tu zasada „coś za coś", tzn. nie może odliczyć VAT, ale skoro VAT nie obciąża konsumenta, to sprzedawane usługi czy towary są tańsze i przystępniejsze dla tego ostatniego.
PAMIĘTAJ!
Jeśli wykonujesz usługi zwolnione z VAT, np. usługę medyczną, to nie możesz odliczyć VAT z zakupionych towarów i usług, np. aparatury medycznej.

Nie można również odliczyć VAT przykładowo gdy:
– transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku,
– sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący,
– wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczącej tych czynności bądź podają kwoty niezgodne z rzeczywistością - w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością.
Krok 2. Ustalenie, w jakim zakresie podatnik może odliczyć VAT
Często zdarza się również, że podatnik świadczy jednocześnie usługi opodatkowane i zwolnione z VAT.
Generalnie zatem w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.
Przykładowo więc koszt reklamy usługi zwolnionej nie będzie uwzględniony w tym sensie, że z faktury za reklamę usługi zwolnionej z VAT otrzymanej od firmy reklamowej VAT nie odliczymy, natomiast za reklamę usługi opodatkowanej VAT odliczymy już podatek naliczony.
Mimo powyższego nierzadko nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot podatku naliczonego – np. reklama różnych usług i towarów, w tym towarów opodatkowanych i zwolnionych (choćby towary używane).
Wówczas przysługuje tzw. odliczenie proporcjonalne. Jeżeli obrót ogólny wyniósł w poprzednim roku podatkowym przykładowo 1.000.000 zł, z czego obrót opodatkowany wynosił 430.000 zł, to wówczas można odliczyć 43% podatku naliczonego (zagadnienie to jest bardziej złożone, jednak chodziło bardziej o sygnalizację problemu).
Krok 3. Moment powstania prawa do odliczenia podatku naliczonego
Prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje w większości przypadków w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny.
Od zasady tej istnieją wyjątki – przykładowo w przypadku nabycia usług telekomunikacyjnych, za tzw. media (prąd, gaz) w rozliczeniu za okres, w którym przypada termin płatności, przy czym faktura musi zawierać informację, jakiego okresu dotyczy.
Jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych wyżej, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.
Przykład 1
Podatnik otrzymał fakturę w czerwcu 2012 r. W tej sytuacji to od jego wyboru zależy, czy ujmie ją (do odliczenia) w deklaracji za czerwiec, lipiec czy sierpień 2012 r.
Krok 4. Obliczenie matematyczne

Jeżeli występuje tzw. nadwyżka podatku naliczonego (przysługującego do odliczenia) nad należnym, podatnik może wystąpić o zwrot tej nadwyżki.
WAŻNE!
Jeżeli można odliczyć tylko część podatku naliczonego, ma to znaczenie dla ustalenia różnicy – wpływającej bezpośrednio na wysokość zwrotu.

Przykład 2
Jeżeli podatnik, u którego w danym miesiącu „wyszło" 500.000 zł podatku naliczonego może odliczyć tylko 43%, czyli 215.000 zł, zaś podatku należnego „wyszło" 200.000 zł, to do zwrotu przysługuje tylko 15.000 zł, a nie 300.000 zł, jako różnica miedzy kwotą 500.000 zł, a 200.000 zł.
Zwroty VAT występują najczęściej u podatników dokonujących dużych inwestycji oraz tych, których profil działalności związany jest w dużej mierze ze stosowaniem stawek preferencyjnych, zwłaszcza chodzi tu o eksport i wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Przykładowo więc podatnik dokonał zakupów w kraju za 246.000 zł brutto (200.000 zł netto, 46.000 zł – podatek naliczony), zaś sprzedał towary do Rosji (eksport) za 250.000 zł, VAT 0 zł, bowiem stawka jest 0%. Zwrot VAT wyniesie 46.000 zł.
Krok 5. Złożenie deklaracji
Aby otrzymać zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, należy w tym celu złożyć deklarację VAT i tę nadwyżkę wykazać. Generalnie bowiem jest to uprawnienie, które jednak podatnik musi „uzewnętrznić" i zgłosić.
Po drugie, podatnik może zadeklarować tzw. zwrot bezpośredni (czyli na rachunek bankowy wskazany przez podatnika) lub wykazać tę nadwyżkę jako kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy.
W praktyce nie zawsze to drugie rozwiązanie jest gorsze.
Przykład 3
Podatnik składa w dniu 27 sierpnia 2012 r. (poniedziałek, ponieważ 25 sierpnia przypadał w sobotę, czyli dzień wolny) deklarację za lipiec 2012 r. z wykazaną kwotą do przeniesienia w wysokości 8000 zł. Zrezygnował z ubiegania się o zwrot bezpośredni, gdyż musiałby czekać na niego 60 dni.
Jednocześnie pod koniec sierpnia ma już wiedzę, że prawdopodobnie za sierpień „wyjdzie" nadwyżka podatku należnego do wpłaty do urzędu skarbowego w wysokości około 20.000 zł. Dzięki przeniesieniu 8000 zł nadwyżki podatku naliczonego z lipca na sierpień zmniejszy się dokonywana 25 września 2012 r. wpłata za sierpień, tj. z około 20.000 zł do około 12.000 zł. Tym samym podatnik odniesie korzyść już za niecałe 30 dni, a nie za 60 dni.