W pierwszej kolejności musisz zastanowić się nad tym, jaka część takiej nieruchomości służy twojej działalności.
Podkreślić przy tym muszę, że jeżeli zdefiniujesz jaka część mieszkania, czy domu służy prowadzonej działalności, to fakt, iż cały lokal/dom jest mieszkalny, nie stanowi przeszkody przy klasyfikacji wydatków związanych z jego eksploatacją jako stanowiących lub niestanowiących podatkowych kosztów uzyskania przychodu.
Oczywiście musisz pamiętać, że w takiej sytuacji kosztem podatkowym nie mogą być całe ponoszone przez ciebie opłaty za energię, czynsz, ogrzewanie itp. – przecież w tym mieszkaniu/domu również mieszkasz.
Z uwagi na to, że na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej wykorzystywana jest tylko część lokalu (wydzielona), powinieneś ustalić jaki jest udział powierzchni służącej wykonywaniu działalności gospodarczej w całej powierzchni lokalu/budynku. Tak wyznaczony współczynnik wykorzystasz przy obliczaniu części opłat eksploatacyjnych stanowiących koszty podatkowe.
Jednym słowem, jeżeli przeznaczyłbyś do prowadzonej działalności połowę mieszkania/domu, wówczas połowa wydatków ponoszonych w związku z zapłatą czynszu (przy lokalu), należności za energię elektryczną, ogrzewanie etc. byłaby kosztem podatkowym.
Oczywiście w rachunku podatkowym rozliczysz te koszty, które służą twojej działalności – nad niektórymi „mediami" (np. wodą) musisz się zastanowić, czy faktycznie uzasadnisz kosztowy charakter wydatki rozliczonego proporcją (ale dużo tutaj zależy od profilu twojej działalności, tego czy zatrudniasz pracowników itp.).
Rzecz jasna, w taki sposób zdefiniujesz jedynie te koszty, których nie możesz bezpośrednio przypisać wyłącznie mieszkalnej lub "niemieszkalnej" części lokalu/domu. Jeżeli bowiem wydatki można było przypisać poszczególnym częściom lokalu/domu, wówczas odpowiednio stanowiłyby koszt podatkowy (dotyczące części zajmowanej na prowadzone przedsiębiorstwo) lub byłyby obojętne podatkowo (dotyczące części mieszkalnej).
Tak, np. postąpiłbyś z opłatami za ogrzewanie gdybyś stosując mierniki ciepła potrafiłby precyzyjnie przyporządkować opłaty poszczególnym częściom.
Wszystkie jednak te opłaty, które naliczane są wspólnie dla całego lokalu, dotyczą całego lokalu i nie można precyzyjnie wydzielić, jaka ich część przypada na jego poszczególne części mogą być twoim kosztem podatkowym z działalności gospodarczej, ale jedynie w tej części, w jaka równa jest udziałowi części lokalu wykorzystywanej w działalności gospodarczej w całym lokalu/budynku.
Z uwagi na to, że faktury potwierdzające poniesienie przedmiotowych wydatków, zapewne, wystawiane są na ciebie-właściciela lokalu/budynku, jako osobę fizyczną i dotyczą całości opłat, wskazanym jest abyś sporządzał dokumenty wewnętrzne, z których jasno będzie wynikała wysokość kosztów podatkowych. Dokument taki wystawia się na podstawie "dokumentu obejmującego całość opłat na te cele".
PAMIĘTAJ!
Gdybyś, z uwagi na rodzaj prowadzonej działalności, wykorzystywał np. energię elektryczną w dużych ilościach na potrzeby prowadzonej działalności, wówczas należy rozważyć czy nie byłoby zasadnym zamontowanie podlicznika; „za jego pomocą" zaliczysz do kosztów uzyskania przychodu taką części opłaty, która faktycznie przypada na działalność gospodarczą (rozwiązanie takie jest opcjonalne i nie masz takiego obowiązku).

WAŻNE!
Pamiętaj, że fakt prowadzenia działalności w mieszkaniu/domu będącym twoją własnością może zwiększyć podatek od nieruchomości z uwagi na konieczność zastosowania wyższej stawki tej daniny.

Lokal lub budynek mieszkalny, w którym wykonujesz działalności gospodarczą i mieszkasz jednocześnie możesz amortyzować.
W przypadku własności powinieneś wprowadzić go do ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych, jako środek trwały, w przypadku praw spółdzielczych, jako wartość niematerialna i prawna.
Masz do wyboru (według uznania) dwie metody wyznaczanie wartości początkowej:
1) ustalisz cenę nabycia/koszt wytworzenia (wartość niematerialna i prawna, tylko w cenie nabycia) i będziesz dokonywał odpisów amortyzacyjnych, zaliczając je w koszty podatkowe – oczywiście zastosujesz proporcję wykorzystania na potrzeby działalności;
2) ustalisz wartość początkową, jako iloczyn metrów kwadratowych wykorzystywanych na potrzeby działalności i kwoty 988 zł.
Ważnym jest to, że w przypadku lokali/budynków mieszkalnych, które wykorzystujesz na potrzeby działalności amortyzacja nie oznacza automatycznie, że ich sprzedaż skutkować będzie obowiązkiem zapłaty podatku dochodowego. Jeżeli zbycie nastąpi po upływie pięciu lat (liczonych od końca roku), w którym nabyłeś lub wybudowałeś nieruchomość, przychód podatkowy nie wystąpi.