Zmianę granic portu morskiego w Elblągu wprowadzono rozporządzeniem Ministra Transportu, Budownictwa i Gospodarki Morskiej z dnia 15 maja 2013 r. w sprawie ustalenia granicy portu morskiego w Elblągu od strony lądu (Dz. U. poz. 656). Odcinek 1,1 km Kanału Jagiellońskiego został włączony do granic portu morskiego w Elblągu. Teraz do obowiązującego stanu prawnego dostosowane zostaną 3 rozporządzenia: w sprawie śródlądowych dróg wodnych, w sprawie należności za korzystanie ze śródlądowych dróg wodnych oraz śluz i pochylni oraz w sprawie granic między śródlądowymi wodami powierzchniowymi a morskimi wodami wewnętrznymi i wodami morza terytorialnego.
Wody w granicach portów morskich mają kategorię morskich wód wewnętrznych, stąd konieczność aktualizacji rozporządzeń, które do tej pory przypisywały całemu Kanałowi Jagiellońskiemu kategorię śródlądowych dróg wodnych. Z dotychczasowych 5,83 km długości Kanału Jagiellońskiego odcinek 4,73 km pozostanie śródlądową drogą wodną, natomiast wspomniany odcinek 1,1 km będzie stanowić morskie wody wewnętrzne, w granicach portu morskiego w Elblągu.
W związku ze zmianą kategorii wód części Kanału Jagiellońskiego ograniczona zostanie konieczność uiszczania opłat za żeglugowe korzystanie z Kanału wyłącznie do korzystania z odcinka kanału, który pozostał śródlądową drogą wodną, a nie jak dotychczas - od całej długości kanału. Odcinek ten wyznacza granica z morskimi wodami wewnętrznymi, wskazana przez granicę portu morskiego w Elblągu.
Konsultacje społeczne projektów rozporządzeń zakończą się w pierwszej połowie lipca.