Według nowych przepisów sądy administracyjne będą rozpatrywać skargi na uchylenie interpretacji indywidualnej. Zajmą się także skargami na zastosowanie klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania oraz wydawaniem i kontrolą opinii zabezpieczających w postępowaniu w tego rodzaju sprawach. Zdaniem resortu sprawiedliwości Ministerstwo Finansów nie wzięło pod uwagę faktu, że rozszerzenie kognicji sądów administracyjnych będzie niosło ze sobą zwiększenie kosztów ich funkcjonowania. Dlatego też - zdaniem MS - resort finansów powinien odnieść się do tej kwestii, nim ustawa trafi na kolejny etap procesu legislacyjnego.