W sprawie, która była przedmiotem orzeczenia NSA z 20 maja 2010 r., I FSK 1444/09, LEX nr 578126, zarówno Minister Finansów jak i WSA w Krakowie odmówili podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego wykazanego na fakturach papierowych przesłanych w drodze elektronicznej. W uzasadnieniu odmowy organ podatkowy wskazał, że otrzymanie przez podatnika faktury poprzez systemy elektroniczne, bez stosowania przepisów regulujących tę materię, powoduje, że wystawione faktury nie są uznane na gruncie ustawy o VAT za dokumenty wprowadzonym do obrotu prawnego. Skoro zaś nie zostały wprowadzone, nie mogą korzystać z ochrony prawnej, a podatnik nie jest upoważniony do stosowania prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającego z przedmiotowych faktur, co przewiduje art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT.
Odmienne stanowisko zajął jednak Naczelny Sąd Administracyjny. Zdaniem sądu, w świetle prawa wspólnotowego podatnicy powinni mieć w prawodawstwie krajowym zagwarantowaną możliwość sporządzania i przesyłania faktur w formie elektronicznej, bez konieczności przechowywania ich w tej samej formie, z drugiej strony natomiast, krajowe rozporządzenie w sprawie faktur elektronicznych (przy braku innych regulacji w tym zakresie) wprost reguluje wyłącznie sytuacje, w których zarówno sporządzenie, jak i przesłanie oraz przechowywanie tych faktur następuje w formie elektronicznej. Powyższy stan rzeczy mógłby więc sugerować niezgodność prawa krajowego z prawem wspólnotowym. NSA opowiedział się jednak za wykładnią, przepisów prawa krajowego, która nie będzie skutkowała niezgodnością przepisów krajowych z przepisami Dyrektywy w omawianym zakresie. Zgodnie prowspólnotową wykładnią należy przyjąć, że ustawodawca krajowy uregulował kwestię wystawiania i przekazywania faktur w formie elektronicznej, bez konieczności ich przechowywania w tej samej formie, tyle że nie uczynił tego wprost, z drugiej zaś strony wskazuje, że skoro w odniesieniu do faktur przechowywanych w formie elektronicznej wprowadzono wymóg ich kwalifikowanego uwierzytelnienia, to - a contrario - w przypadku faktur elektronicznych nieprzechowywanych w tej formie, wymóg taki nie istnieje, w przeciwnym razie byłby bowiem wprost wyrażony.

Artykuł pochodzi z programu System Informacji Prawnej LEX on-line