Przygotowywana w Ministerstwie Finansów koncepcja zmian zakłada także, że niezbędne jest  zwiększenie efektywności działalności Bankowego Funduszu Gwarancyjnego, w tym zwiększenie aktywności pomocowej w związku z realizowanymi przez banki krajowe programami naprawczymi.
Jak czytamy w opublikowanym przez MF dokumencie, celem projektowanej ustawy jest stworzenie mechanizmów mających wprowadzić możliwości dokapitalizowania przez Bankowy Fundusz Gwarancyjny banku krajowego, w sytuacji w której wystąpi konieczność opracowania programu naprawczego lub planu przywrócenia prawidłowych stosunków finansowych poprzez udzielenie gwarancji dokapitalizowania banku krajowego w formie objęcia wyemitowanych przez nie akcji, obligacji lub bankowych papierów wartościowych. W przypadku ustabilizowania się sytuacji banku (np. znalezienie nowych inwestorów) Bankowy Fundusz Gwarancyjny mógłby wycofać się z zaangażowania w taki bank krajowy na zasadach rynkowych.

Wobec rozszerzenia funkcji pomocowych Bankowego Funduszu Gwarancyjnego bardziej precyzyjnie mają też zostać określone kompetencje ministra finansów w zakresie przysługujących mu obecnie uprawnień. Zdaniem autorów założeń, w szczególności dookreślenia wymaga zdefiniowanie uprawnień osób dokonujących kontroli, poprzez zamknięcie katalogu czynności, do których byłyby one uprawnione. Jak czytamy w dokumencie, analogiczne doprecyzowujące zmiany w zakresie nadzoru powinny zostać wprowadzone w przypadku nadzoru nad Ubezpieczeniowym Funduszem Gwarancyjnym.