Skargę do Trybunału wniósł obywatel Niemiec libańskiego pochodzenia, który – pod zarzutem współpracy z organizacjami terrorystycznymi – został zatrzymany przy przekraczaniu granicy macedońskiej. Skarżący przez 23 dni był przetrzymywany w zamkniętym hotelu w Skopje i przesłuchiwany. Odmówiono mu kontaktu z niemiecką ambasadą i grożono śmiercią. 23 stycznia 2004 r. skarżący – skuty i z zasłoniętą twarzą – został przetransportowany na lotnisko, gdzie został pozbawiony ubrań, poważnie pobity, zgwałcony metalowym przedmiotem, potem założono mu pieluchę i dres i siłą przeprowadzono do samolotu. W samolocie został przykuty do podłogi i podano mu silne środki uspokajające. Skarżący został w ten sposób przekazany agentom CIA, którzy przetransportowali go do więzienia w pobliżu Kabulu, gdzie został zamknięty w małej celi, był przesłuchiwany, bity i gdzie wielokrotnie grożono mu śmiercią. Skarżący został uwolniony 28 maja 2004 r., po odbyciu dwóch strajków głodowych i w stanie skrajnego wycieńczenia.

Po powrocie do Niemiec skarżący natychmiast podjął szereg działań prawnych w sprawie jego zatrzymania i nieludzkiego traktowania, wszystkie jednakże bezskuteczne. Władze niemieckie wszczęły dochodzenie w tej sprawie, a prokuratura wystawiła nakazy aresztowania agentów CIA, którzy jednakże nigdy nie zostali ujęci. Niemiecki Bundestag powołał specjalną komisję śledczą dotyczącą działalności służb specjalnych i ich współpracy z CIA. Również Zgromadzenie Parlamentarne Rady Europy przeprowadziło postępowanie w sprawie "tajnych więzień" i współpracy rządów europejskich z amerykańskimi służbami specjalnymi, które potwierdziło doniesienia skarżącego o metodach traktowania w nich ludzi i warunkach, w jakich więźniowie przebywali.

Trybunał nie miał żadnych wątpliwości i uznał, że skarżący był poddawany torturom i nieludzkiemu traktowaniu, sprzecznemu z art. 3 Konwencji o prawach człowieka. Władze macedońskie nie mogą co prawda odpowiadać za postępowanie agentów CIA w więzieniu pod Kabulem, ale sam fakt przetrzymywania skarżącego w niepewności i w zupełnej izolacji przez 23 dni w Skopje oraz grożenie mu śmiercią w razie opuszczenia hotelu, w którym przebywał – sprowadzał się do "tortur" w rozumieniu art. 3 Konwencji. Władze macedońskie były również świadome losu, jaki czekał skarżącego po przekazaniu go służbom amerykańskim. Co więcej, macedońska prokuratura, która już po uwolnieniu skarżącego została o wszystkim poinformowana, nie przedsięwzięła żadnych kroków prawnych pozwalających na przeprowadzenie skutecznego śledztwa w sprawie porwania, bezprawnego przetrzymywania i torturowania skarżącego w Macedonii. Te okoliczności również przesądziły o naruszeniu art. 3 Konwencji o prawach człowieka przez to państwo.

Okoliczności omawianej sprawy są wyjątkowo drastyczne i wyjątkowo niepokojące. Trybunał po raz pierwszy orzekał w sprawie dotyczącej istnienia "tajnych więzień CIA" oraz metod i sposobów współpracy państw europejskich z USA "przy zwalczaniu terroryzmu". Zdumiewa i przeraża fakt, iż takie praktyki miały miejsce w państwach Rady Europy pod pretekstem walki z terroryzmem. Zakaz tortur i nieludzkiego traktowania ma w Konwencji p prawach człowieka status specjalny. Jest zakazem bezwzględnym i – tak jak w przypadku ochrony prawa do życia – w żadnych okolicznościach nie można zawiesić jego stosowania. Walka z terroryzmem nie usprawiedliwia torturowania osób podejrzanych o terroryzm. Od odpowiedzialności za stosowanie tortur nie uchylą się także te państwa, które – stosując politykę "przymykania oczu" – współpracowały z Amerykanami w takich sprawach.

Warto w tym miejscu przypomnieć, że Dick Marty – przewodniczący komisji Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy badającej sprawę "tajnych więzień CIA" w Europie – twierdził, że do podobnych nadużyć dochodziło także w Polsce.

Tak wynika z wyroku Trybunału z 13.12.2012 r. w sprawie nr 39630/09, El-Masri przeciwko byłej Jugosłowiańskiej Republice Macedonii.