Projekt nowelizacji ustawy wynika z konieczności wdrożenia zapisów rozporządzenia Rady (WE) nr 73/2009, ustanawiającego jednolite zasady dla systemów wsparcia bezpośredniego dla rolników w ramach wspólnej polityki rolnej. Zgodnie z tym rozporządzeniem, począwszy od 1 stycznia 2010 r. państwa członkowskie stosują minimalne wymagania dotyczące otrzymywania płatności bezpośrednich, wprowadzając limit kwotowy (100 euro) lub limit powierzchniowy (1 ha). Obecnie w Polsce obowiązuje już limit 1 ha w stosunku do wszystkich płatności realizowanych w ramach systemu jednolitej płatności obszarowej, z wyjątkiem płatności do owoców miękkich. W związku z tym w projekcie nowelizacji ustawy wprowadzony zostanie limit powierzchniowy w wysokości 1 ha również w stosunku do owoców miękkich.
Zmianie ulegną również przepisy dotyczące sposobu uznania albo odmowy uznania danego przypadku za działanie siły wyższej lub wystąpienia nadzwyczajnych okoliczności. Obecnie przepis ten odnosił się tylko do płatności obszarowych. Należy zaznaczyć, że obowiązujące przepisy UE dotyczące szczególnych okoliczności mają zastosowanie także do płatności cukrowej, płatności do pomidorów oraz płatności do krów i owiec. W związku z tym należy wprowadzić podobne rozwiązanie również w Polsce, poprzez wskazanie, że w odniesieniu do tych płatności uznanie albo odmowa uznania danego przypadku za działanie siły wyższej lub wystąpienia nadzwyczajnych okoliczności będzie następować w decyzji w sprawie przyznania tych płatności.
Kolejna zmiana związana jest z uchyleniem art. 20 ust. 3 ustawy o płatnościach, upoważniającego ministra rolnictwa do określenia w rozporządzeniu rodzajów dowodów potwierdzających działanie siły wyższej lub wystąpienie nadzwyczajnych okoliczności. Konsekwencją tej zmiany jest przepis mówiący, że decyzje w sprawie dowodów powstania okoliczności nadzwyczajnych będą podejmować kierownicy biur powiatowych Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (ARiMR).
W projekcie nowelizacji ustawy doprecyzowano przepisy dotyczące sposobu składania wniosków o płatności za pomocą formularza umieszczonego na stronie internetowej ARiMR. W tej formie będzie można składać wnioski od 15 marca 2011 r. Uregulowano również przypadki, gdy do wniosku składanego elektronicznie niezbędne jest dołączenie dokumentów. Ma to miejsce w przypadku wniosków m.in. o płatność cukrową czy zwierzęcą. Dopuszczalne będzie dołączenie skanu wymaganych dokumentów bądź dokumentów opatrzonych bezpiecznym podpisem elektronicznym. Ponadto możliwe będzie przesłanie tych dokumentów pocztą lub złożenie ich bezpośrednio w biurze powiatowym Agencji.
Uregulowane mają byc też sprawy związane z przyznaniem spadkobiercy rolnika płatności obszarowych, płatności cukrowej, płatności do pomidorów, do krów i owiec w sytuacji, gdy postępowanie sądowe w sprawie nabycia spadku nie zostało zakończone. W tych przypadkach spadkobierca dołącza do wniosku o wypłatę płatności zaświadczenie sądu o zrejestrowaniu wniosku o stwierdzenie nabycia spadku lub potwierdzoną kopię wniosku o stwierdzenie nabycia spadku. Spadkobierca, po zakończonym postępowaniu sądowym, musi złożyć prawomocne postanowienie sądu o nabyciu spadku.
Zgodnie z projektem nowelizacji ustawy, Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa będzie organem odpowiedzialnym za kontrole wymogów w zakresie stosowania środków ochrony roślin oraz bezpieczeństwa żywności pochodzenia roślinnego. Natomiast Inspekcja Weterynaryjna ma być odpowiedzialna za przeprowadzanie kontroli dotyczących: zdrowia publicznego, zdrowia zwierząt, zgłaszania chorób oraz dobrostanu zwierzęcego.