Pozytywna opinia rządu dotyczy pilnego wdrożenia unijnych dyrektyw: dyrektywy Rady 2008/90/WE (w sprawie obrotu materiałem rozmnożeniowym roślin sadowniczych oraz roślinami sadowniczymi przeznaczonymi do produkcji owoców); dyrektywy Komisji 2009/145/WE (przewidującej m.in. pewne odstępstwa dotyczące zatwierdzania populacji miejscowych i odmian warzyw tradycyjnie uprawnianych w rejonach zagrożonych erozją genetyczną), dyrektywy Komisji 2010/60/WE (przewidującej pewne odstępstwa dotyczące wprowadzania do obrotu mieszanek materiału siewnego roślin pastewnych przeznaczonych do ochrony środowiska naturalnego), a także decyzji Komisji 2011/180/UE (wdrażającej dyrektywę Rady 2002/55/WE w sprawie warunków zezwalania na wprowadzenie do obrotu małych opakowań mieszanek standardowego materiału siewnego różnych odmian roślin warzywnych tego samego gatunku).
Rząd podkreśla w swoim stanowisku, że proponowane przez prezydenta przepisy zakazujące rejestracji odmian genetycznie zmodyfikowanych oraz obrotu materiałem siewnym tych odmian, są sprzeczne z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości UE z lipca 2009 r. Trybunał, po rozpatrzeniu skargi Komisji Wspólnot Europejskich na Polskę, stwierdził, że nasz kraj – zakazując swobodnego obrotu materiałem siewnym odmian genetycznie zmodyfikowanych oraz wpisu odmian genetycznie zmodyfikowanych do krajowego rejestru odmian – naruszył obowiązujące w tej sprawie prawo unijne.
W opinii rządu, wprowadzenie proponowanych przez prezydenta zakazów mogłoby także skutkować odpowiedzialnością odszkodowawczą Skarbu Państwa. Chodzi o to, że podmioty indywidualne, które wskutek naruszenia prawa wspólnotowego poniosły straty, mogłyby wystąpić z roszczeniami odszkodowawczymi do państwa polskiego.
Rada Ministrów zwraciła uwagę, że prezydencki projekt ustawy o nasiennictwie jest co do zasady tożsamy z projektem rządowym. Rozbieżność dotyczy jedynie przepisów zakazujących rejestracji odmian genetycznie zmodyfikowanych oraz obrotu materiałem siewnym tych odmian, a także regulacji dotyczących zaciągania kredytów przez Centralny Ośrodek Badania Odmian Roślin Uprawnych.
Należy podkreślić - czytamy w rządowym komunikacie - że Rada Ministrów będzie mogła w rozporządzeniu wprowadzić zakaz stosowania materiału siewnego określonych odmian, kierując się ich nieprzydatnością do uprawy w warunkach klimatyczno-glebowych Polski lub koniecznością uniknięcia zagrożeń dla zdrowia ludzi, zwierząt, roślin i środowiska. W związku z tym konieczne jest rozszerzenie działań Państwowej Inspekcji Ochrony Roślin i Nasiennictwa o nadzór nad stosowaniem materiału siewnego. Należy zaznaczyć, że w resorcie rolnictwa przygotowano projekt rozporządzenia w sprawie zakazu stosowania materiału siewnego odmian genetycznie zmodyfikowanych, który będzie przedmiotem prac legislacyjnych.