Europejski Trybunał Praw Człowieka w wyroku z 20 marca 2007 r., dotyczącym problemów Alicji Tysiąc z uzyskaniem zgody na przerwanie ciąży, wskazał na brak w polskim ustawodawstwie procedury zgłaszania i rozpatrywania sprzeciwu pacjentów od opinii i orzeczeń lekarskich. Tym samym nałożony został na państwo polskie obowiązek wprowadzenia odpowiednich rozwiązań prawnych, które usuną niezgodności między krajowym prawodawstwem a wymogami stawianymi przez Europejską Konwencję Praw Człowieka. W piśmie skierowanym do ministra zdrowia oraz pełnomocnika ministra spraw zagranicznych do spraw postępowań przed międzynarodowymi organami ochrony praw człowieka, RPO zwrócił się  z prośbą o poinformowanie o treści stanowiska władz polskich, jakie zostało zakomunikowane w związku z posiedzeniem Komitetu Ministrów ds. praw człowieka.

Rzecznik przypomina, że w świetle przepisów obecnie obowiązującej ustawy, organem właściwym do rozpatrywania sprzeciwu jest działająca przy Rzeczniku Praw Pacjenta komisja lekarska, której orzeczenia są ostateczne i nie podlegają zaskarżeniu do sądu. Zdaniem RPO, choć komisji tej nie można odmówić przymiotu fachowości i profesjonalizmu, to jednak trudno uznać ją - biorąc pod uwagę fakt. że jej członkowie każdorazowo powoływani są przez Rzecznika Praw Pacjenta spośród lekarzy za niezależny i bezstronny organ. Takie rozwiązanie może naruszać wynikające z art. 45 Konstytucji RP oraz art. 6 ust. 1 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka prawo do sądu. Podstawą orzeczenia Komisji Lekarskiej jest w pierwszej kolejności zgromadzona dokumentacja medyczna. Ustawa nie przewiduje osobistego wysłuchania pacjenta, ograniczając możliwość przedstawienia własnej argumentacji jedynie w formie pisemnej wraz ze złożonym sprzeciwem. Takie rozwiązanie istotnie odbiega od zaleceń sformułowanych przez Trybunał w sprawie Tysiąc przeciwko Polsce. Badanie pacjenta przeprowadzane jest. w myśl ustawy, jedynie w przypadkach szczególnych, gdy Komisja uzna to za potrzebne. W ocenie RPO przyjęte sformułowanie przepisów może powodować liczne komplikacje w praktyce. Ogranicza bowiem postępowanie dowodowe do pisemnego przedstawienia stanowiska osoby skarżącej oraz analizy dokumentacji medycznej, co w konsekwencji może wpłynąć na zdolność Komisji do wnikliwego zbadania sprawy. Ponadto, oparcie się wyłącznie na już zgromadzonej dokumentacji medycznej nie daje gwarancji wydania rozstrzygnięcia odpowiadającego stanowi faktycznemu, ponieważ nie ma pewności co do rzetelności wydanych poprzednio orzeczeń i opinii lekarskich, składających się na analizowaną dokumentację medyczną, która staje się podstawą rozstrzygania przez komisję.
Rzecznik podkreśla także, że ciężar dowodu zostaje przerzucony na pacjenta. Wnosząc sprzeciw zobowiązany jest on nie tylko do podania uzasadnienia faktycznego, ale także wskazania przepisu prawa, z którego wynikają jego prawa lub obowiązki, na które ma wpływ kwestionowana opinia albo orzeczenie lekarskie. Zdaniem RPO niezrozumiałe jest ograniczenie w zakresie podmiotów uprawnionych do wniesienia sprzeciwu, którymi są jedynie pacjent lub jego przedstawiciel ustawowy, a nie mają do tego prawa osoby bliskie pacjenta, do których ustawa zalicza również: małżonka, krewnego lub powinowatego do drugiego stopnia w linii prostej, osobę pozostającą we wspólnym pożyciu lub osobę wskazaną przez pacjenta. Na gruncie przyjętych regulacji ustawowych rodzą się także pytania o kwestie podstawowe związane z nową instytucją prawną, tj. jaki jest charakter i jakie będą skutki prawne orzeczenia Komisji Lekarskiej ma to fundamentalne znaczenie dla oceny prawidłowości wyłączenia kontroli tych orzeczeń (por. art. 45 ust. 1 i art. 77 Konstytucji) a także rzeczywistej możliwości wykonania orzeczenia.

- Jako Rzecznika Praw Obywatelskich interesuje mnie przede wszystkim to, czy osoby realizujące prawo do ochrony zdrowia uzyskują efektywny mechanizm ochrony i egzekucji świadczeń. Uprzejmie proszę o poinformowanie mnie o aktualnym stanie prac nad wdrożeniem procedury zgłoszenia sprzeciwu wobec opinii albo orzeczenia lekarskiego, w tym nad niezbędnymi aktami wykonawczymi. Będę także wdzięczny za przedstawienie stanowiska Ministra Zdrowia w zakresie prawidłowości wykonania wyroku Europejskiego Trybunału Praw Człowieka w sprawie Tysiąc przeciwko Polsce, przy uwzględnieniu przedłożonych uwag Rzecznika Praw Obywatelskich - napisał rzecznik praw obywatelskich w swoim wystąpieniu..