Jak pisze prof. Irena Lipowicz, do jej biura wpływa wiele skarg wskazujących na znaczne ograniczenia praw właścicieli nieruchomości należących do sieci obszarów Natura 2000 oraz nieruchomości znajdujących się na liście proponowanych obszarów tej sieci. Istniejące ograniczenia w zagospodarowaniu tych nieruchomości często uniemożliwiają ich wykorzystanie zgodnie z wolą właściciela, co obniża ich wartość rynkową i znacząco utrudnia sprzedaż nieruchomości na wolnym rynku lub obciążenie jej prawami rzeczowymi bądź obligacyjnymi.
Z treści skarg wynika - czytamy w piśmie do ministra - iż roszczenia o wykup lub odszkodowanie przewidywane przez ustawę o ochronie przyrody nie chronią wystarczająco praw właścicieli i nie mogą być uznane za efektywne środki gwarantujące poszanowanie konstytucyjnej zasady ochrony prawa własności. Nie zapewniają także równej ochrony wszystkich praw majątkowych. Rzecznik zauważa ponadto wątpliwości natury konstytucyjnej budzi procedura umieszczania projektowanych obszarów Natura 2000 na liście sporządzanej przez Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska, a w szczególności charakter prawny listy.
Rzecznik praw obywatelskich wnosi więc o podjęcie prac legislacyjnych zmierzających do usunięcia nieprawidłowości, które naruszają konstytucyjne prawa właścicieli nieruchomości objętych ograniczeniami w zagospodarowaniu ze względu na ochronę środowiska naturalnego.