Stwierdzone przez NIK w wystąpieniu nieprawidłowości dotyczą naruszenia przepisów ustawy Prawo zamówień publicznych przy zamówieniu projektu typowego dla potrzeb programu oraz na rozporządzaniu projektem opcjonalnego boiska wielofunkcyjnego bez nabycia autorskich praw majątkowych do tego projektu.
W kwestii dotyczącej udzielenia zamówień na wykonanie projektów składających się na kompleks „Moje Boisko – Orlik 2012” należy wskazać, że w opinii Ministerstwa Sportu i Turystyki stanowisko NIK jest sprzeczne ze stanowiskiem Prokuratury Okręgowej Warszawa Praga w Warszawie, która postanowieniem z dnia 30 czerwca 2011 roku umorzyła postępowanie w zakresie naruszenia art. 32 ust. 2 ustawy Prawo zamówień publicznych, wskazując na brak podstaw do postawienia zarzutu dotyczącego nieuprawnionego podziału zamówienia na części.
W opinii Ministerstwa Sportu i Turystyki sformułowania wskazane w wystąpieniu pokontrolnym NIK, dotyczące naruszenia art. 17 i 53 ustawy o prawie autorskim i prawach pokrewnych są przedwczesne. Sprawa naruszenia w/w przepisów nie jest jednoznaczna i przesądzona, co znajduje potwierdzenie w uzasadnieniu Uchwały Kolegium Najwyższej Izby Kontroli z dnia 30 listopada 2011 roku w sprawie zastrzeżeń do wystąpienia pokontrolnego, w którym Kolegium NIK zastrzega, iż w przypadku ujawnienia innych niż analizowane w toku kontroli, dowodów i okoliczności, ocena podstaw prawnych do wykorzystania przez Ministerstwo Sportu i Turystyki skontrolowanego projektu, mogłaby ulec zmianie.
Ponadto Ministerstwo Sportu i Turystyki informuje, że program „Moje Boisko – Orlik 2012” od początku był objęty „tarczą antykorupcyjną” i monitorowany przez CBA i ABW.
Wszystkie jednostki samorządów terytorialnych, które zostały zgłoszone do programu „Moje Boisko – Orlik 2012” przez urzędy marszałkowskie, otrzymały promesę na dofinansowanie ze środków budżetu państwa.
Zasady dofinansowania ze środków budżetu państwa były jednakowe dla wszystkich beneficjentów programu, a przetargi na budowę kompleksów przeprowadzały jednostki samorządów terytorialnych, a nie Ministerstwo Sportu i Turystyki.