Nowe przepisy wprowadzą zmiany, które będą regulować opodatkowanie podatkiem tonażowym niektórych dochodów (przychodów) osiąganych przez armatorów eksploatujących morskie statki handlowe w żegludze międzynarodowej.
Z uzasadnienia do projektu wynika, że zastosowanie tych regulacji powinno zwiększyć konkurencyjność polskiej gospodarki morskiej. Chodzi też o to, że podatek tonażowy jest uproszczoną (zryczałtowaną) formą opodatkowania i dlatego jest bardziej przyjazny przedsiębiorcom.
Zgodnie z założeniami, do ustawy z 24 sierpnia 2006 r. o podatku tonażowym mają być wprowadzone następujące zmiany:
- armator (osoba fizyczna lub osoba fizyczna będąca wspólnikiem spółki osobowej) nie będzie mógł odliczać od podatku tonażowego składek na ubezpieczenie zdrowotne oraz składek na ubezpieczenie społeczne od podstawy opodatkowania podatkiem tonażowym, uiszczanych w trakcie roku podatkowego;
- w stosunku do prac wykonywanych przez holowniki i pogłębiarki wprowadzono nowe kryterium: kryterium czasu pracy w transporcie morskim w danym roku podatkowym (przez transport morski należy rozumieć przewóz towarów i pasażerów na morzu, wykonywany bezpośrednio przez dany statek);
- z systemu podatku tonażowego będą mogły korzystać podmioty zarządzające statkami, spełniające jednocześnie kryterium zarządzania załogą statku i kryterium zarządzania technicznego statkiem;
- w przypadku podmiotów zarządzających statkami zarządzanie to musi być prowadzone z terytorium Unii Europejskiej, a podmioty zarządzające powinny zatrudniać do pracy na lądzie i na statkach głównie obywateli Unii;
- system podatku tonażowego ma obowiązywać od 1 stycznia 2012 r.;

- w Polsce system podatku tonażowego ma być stosowany przez 10 lat (obecnie 5 lat);

- podatnik podatku tonażowego będzie musiał zadeklarować, że będzie z niego korzystał przez 10 lat; formę tego opodatkowania będzie można przedłużyć o kolejne 10 lat.