Zasadniczym celem nowelizacji jest zniesienie instytucji „komórki organizacyjnej Ministerstwa Sprawiedliwości w randze departamentu”, która obecnie w imieniu Ministra Sprawiedliwości wykonuje zadania zwierzchniego nadzoru w zakresie organizacji i działalności administracyjnej sądów wojskowych. Nowe przepisy powierzają wykonywanie zadań w tym zakresie bezpośrednio Ministrowi Sprawiedliwości.
Autorzy projektu nowelizacji podkreślają, że wprowadzane rozwiązania zmierzają do instytucjonalnego zharmonizowania zasad sprawowania zadań zwierzchniego nadzoru w aspekcie organizacji i działalności administracyjnej sądów wojskowych z zasadami obowiązującymi w tym zakresie dla sądownictwa powszechnego. Po drugie, zniesienie instytucji „komórki organizacyjnej Ministerstwa Sprawiedliwości w randze departamentu” umożliwić ma bardziej elastyczne kształtowanie struktury komórek organizacyjnych Ministerstwa Sprawiedliwości.