Były szef MS pytany był w radiu Tok FM o opinie, że to on odpowiada za "obecną sytuację" w sprawie zabójstwa byłego komendanta głównego policji gen. Marka Papały. Pod koniec lipca sąd uniewinnił Ryszarda Boguckiego i Andrzeja Z., ps. Słowik, oskarżonych o nakłanianie do tego zabójstwa. Sąd krytycznie ocenił wiele działań organów ścigania w sprawie, a dowody uznał za "kruche". Skrytykował też brak współpracy między prokuratorami z Warszawy i Łodzi.

Kwiatkowski relacjonował, że pod koniec 2009 r. ówczesny prokurator krajowy Edward Zalewski poinformował go o wynikach analizy przeprowadzonej w Prokuraturze Krajowej śledztwa ws. zabójstwa Papały. Efektem - powiedział Kwiatkowski - była ocena, że "śledztwo było prowadzone nieprawidłowo".

Według Kwiatkowskiego prokurator krajowy ocenił, że postępowanie należy przenieść do innej prokuratury. "Zaproponował on prokuraturę łódzką, mówiąc, że tam jest bardzo dobry zespół młodych prokuratorów, ale już z pewnym doświadczeniem w bardzo trudnych sprawach" - powiedział Kwiatkowski.

Do Łodzi nie przeniesiono całego śledztwa, ponieważ - tłumaczył Kwiatkowski -wydawało się, że prokuratura z Warszawy ustaliła, kto chciał zlecić zabójstwo. Śledczy z Łodzi mieli ustalić, kto zabił; śledczy ze stolicy tego nie wiedzieli. "Łódź miała ustalić, kto wykonał, bo Warszawa w ramach swojego postępowania mówiła: +my wiemy, kto szukał zabójców, kto był zainteresowany tym, żeby do tego zabójstwa doszło; nie ustaliliśmy, kto to zabójstwo wykonał+. I drugi element, który był jednym z równie istotnych przy podjęciu tej decyzji (o przeniesieniu śledztwa) - krytyczna ocena pewnych elementów prowadzonego postępowania" - powiedział b. minister sprawiedliwości. Podkreślił, że decyzja o przeniesieniu śledztwa była "trudna politycznie".

O przeniesieniu śledztwa Prokuratura Krajowa zdecydowała w listopadzie 2009 r. Uznano wówczas, że po 11 latach wymaga ono "nowego spojrzenia", a łódzka prokuratura ma dokonać swoistego "bilansu otwarcia". Prokuratorzy z Warszawy mieli się skoncentrować na procesie, bowiem kilka dni wcześniej do sądu trafił akt oskarżenia w sprawie nakłaniania do zabójstwa Papały przeciw Boguckiemu i "Słowikowi".

W 2012 r. łódzka prokuratura apelacyjna ujawniła, że - według ustaleń opartych na zeznaniach świadka koronnego Roberta P. - do zabójstwa Papały doszło w wyniku napadu rabunkowego, a sprawcy zamierzali ukraść samochód Papały. Podczas napadu Igor M., ps. Patyk (wcześniej Igor Ł. - zmienił nazwisko) miał oddać śmiertelny strzał do b. szefa policji. Zarzuty zabójstwa usłyszeli "Patyk" i Mariusz M. Śledczy z Warszawy ocenili, że ta wersja jest "kompletnie niewiarygodna".

O zlecenie zabójstwa Papały nadal podejrzany jest polonijny biznesmen z USA Edward Mazur. Jego ekstradycji do Polski odmówił sąd w Chicago, uznając obciążające go zeznania gangstera Artura Zirajewskiego, ps. Iwan, za niewiarygodne.