HFPC wystosowała do Prezydenta RP pismo, w którym zwróciła się z prośbą o złożenie oświadczenia o uznaniu właściwości Trybunału Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich na podstawie art. 35 ust. 2 Traktatu o Unii Europejskiej. Helsińska Fundacja Praw Człowieka przypomina, że dwukrotnie pismami z 7 lipca i 13 listopada 2009 r. występowała do Prezydenta RP z prośbą o wydanie stosownego oświadczenia. W tej samej sprawie podobne oświadczenia kierowali również rzecznik praw obywatelskich oraz Doradczy Komitet Prawny przy Ministrze Spraw Zagranicznych.
HFPC podkreśla, że od czasu wejścia w życie Traktatu z Lizbony, tj. od 1 grudnia 2009 r. zniesiony został dotychczasowy „trójfilarowy” podział Unii Europejskiej. W konsekwencji TSUE uzyskał ogólną jurysdykcję nad reżimem prawnym Unii Europejskiej obejmującą również materię należącą do dotychczasowego III filaru. Jeszcze przed wejściem w życie Traktatu z Lizbony - 10 lipca 2008 r. Sejm RP uchwalił ustawę o upoważnieniu Prezydenta RP do złożenia oświadczenia o uznaniu przez Polskę jurysdykcji TSUE na podstawie art. 35 ust. 2 Traktatu o Unii Europejskiej. Ustawa na wniosek Prezydenta RP została skierowana do Trybunału Konstytucyjnego w celu zbadania jej zgodności z Konstytucją RP. Wyrokiem z dnia 18 lutego 2009 r. (sygn. akt Kp 3/08) Trybunał stwierdził, iż art. 1 powyższej ustawy jest zgodny z Konstytucją RP.
Trybunał Konstytucyjny odrzucając argumenty Prezydenta RP podkreślił, iż procedura pytań prejudycjalnych służy zapewnieniu wykładni i jednolitego stosowania prawa UE w państwach członkowskich oraz umożliwia współpracę między krajowymi organami sądowymi a TSUE. Ponadto Trybunał Konstytucyjny we wspomnianym wyroku z 18 lutego 2009 r. stwierdził, iż złożenie oświadczenia, o którym mowa w ustawie z dnia 10 lipca 2008 r. doprowadzi do przyspieszenia postępowań karnych prowadzonych przez polskie sądy oraz podniesie efektywność ich orzekania.

Pomimo wielokrotnych apeli kierowanych do Prezydenta RP to oświadczenie nadal nie zostało złożone. Autorzy listu przypominają, że spowodowało to, że wobec polskich sądów zastosowanie znalazł art. 10 Protokołu nr 36 do Traktatu z Lizbony w sprawie postanowień przejściowych. Przewiduje on ograniczenie dostępu do procedury pytań prejudycjalnych w wypadku, którym do momentu wejścia w życie Traktatu z Lizbony państwo członkowskie nie złożyło oświadczenia o uznaniu jurysdykcji TSUE zgodnie z dawnym art. 35 ust. 2 TUE. Polskie sądy będą zatem dysponowały takim samym uprawnieniem jak większość państw członkowskich Unii Europejskiej dopiero 30 listopada 2014 r.

W ocenie HFPC, obecnie z punktu widzenia prawa polskiego nie ma przeszkód uniemożliwiających złożenie powyższego oświadczenia. - Wydaje się bowiem, że ustawa z 10 lipca 2008 r. nadal nie została „wykonana”. Tym samym w ocenie HFPC, Prezydent RP dysponuje wszelkimi kompetencjami przewidzianymi polskim prawem do uznania kompetencji TSUE w zakresie współpracy policyjnej i sądowej w sprawach karnych w ramach Unii Europejskiej - piszą autorzy listu do Prezydenta.
Ponadto podkreślają, że Deklaracja nr 50 dołączona do Traktatu z Lizbony stanowi, że „Parlament Europejski, Rada i Komisja w ramach swoich odpowiednich uprawnień dołożą wszelkich starań, by przyjąć, w stosownych przypadkach i o ile to możliwe w terminie pięciu lat (…) akty prawne zmieniające lub zastępujące akty, o których mowa w art. 10 ustęp 1 wspomnianego protokołu”. Skorzystanie z uprawnień wynikających z art. 1 ustawy z 10 lipca 2008 r. stanowić będzie zatem realizację celu wyrażonego w Deklaracji nr 50. Zapewni to również wykonanie postulatów zawartych w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 18 lutego 2009 r. oraz w licznych wypowiedziach sądów powszechnych (m.in. w  uchwale Sądu Najwyższego z dnia 20 lipca 2006 r., sygn. I KZP 21/06), których zdaniem brak uznania jurysdykcji TSUE w zakresie dawnego III filaru ogranicza kompetencje sądów polskich.

Helsińska Fundacja Praw Człowieka wyraziła w swoim liście nadzieję, że Prezydent RP zdecyduje o złożeniu w najbliższym czasie oświadczenia, o którym mowa w art. 1 ustawy z 10 lipca 2008 r. i doprowadzi tym samym do zagwarantowania wyższego poziomu ochrony praw i wolności człowieka.