Komisja Majątkowa, do końca lutego musi przedstawić ministrowi spraw wewnętrznych, a także Sekretariatowi Konferencji Episkopatu Polski oraz Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu i Konferencji Episkopatu sprawozdanie ze swojej działalności. Komisja Majątkowa, ma obowiązek na mocy noweli przekazać ministrowi dokumentację zgromadzoną w toku prowadzonych przez nią postępowań regulacyjnych. Musi też przekazać ministrowi spraw wewnętrznych wnioski o wszczęcie postępowania regulacyjnego, złożone na podstawie art. 62 ust. 3 zdanie pierwsze ustawy nie rozpatrzone przed dniem wejścia w życie nowelizacji, zawiadamiając pisemnie uczestników postępowań regulacyjnych o nie rozpatrzeniu tych wniosków.

Jeśli uczestnicy postępowań regulacyjnych, w których zespół orzekający lub Komisja Majątkowa w jej pełnym składzie nie uzgodniły orzeczenia przed dniem wejścia w życie tej ustawy, mogą, w terminie sześciu miesięcy od dnia otrzymania o tym pisemnego zawiadomienia, wystąpić o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego lub administracyjnego, a jeżeli nie było ono wszczęte – wystąpić do sądu o zasądzenie roszczenia. W przypadku braku wystąpienia do sądu w tym okresie, roszczenie wygasa.

Większość zarzutów posłów SLD, którzy skierowali wniosek do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie ustawy stało się nieaktualne. Zdaniem przewodniczącego sejmowej Komisji Kodyfikacyjnej Jerzego Kozdronia, wszystkie postępowania regulacyjne zostały zakończone  wydaniem orzeczenia. Teraz wnioski nie mogą być już rozpatrywane przez komisję. Wczoraj rozprawa przed TK została odroczona bez ustalenia kolejnego terminu.

- Powodem prośby marszałka Sejmu o odroczenie rozprawy przed Trybunałem Konstytucyjnym w sprawie rządowo- kościelnej Komisji Majątkowej jest wejście w życie nowelizacji zaskarżonej ustawy – wyjaśniał poseł Jerzy Kozdroń.- Nowelizacja otwiera możliwość zaskarżania do sądu decyzji wydanych przez komisję. Sprawy wniesione przez samorządy do NSA i WSA, czekają na wyrok Trybunału i nowe regulacje. Gdyby Trybunał stwierdził, że brak drogi sądowej naruszał konstytucje, to władze samorządowe mogłyby wystąpić do Skarbu Państwa o odszkodowanie.

Zakwestionowany przed Trybunałem art.63 ust.8 ustawy o stosunku państwa do kościoła katolickiego stanowił, że stronom nie przysługuje odwołanie do sądu. Nowelizacja ten przepis uchyla.

Przepisy ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego nakazywały państwu wszczęcie tzw. postępowania regulacyjnego celem zwrotu upaństwowionych nieruchomości kościelnych. Wątpliwości posłów SLD wzbudziło to, że ustawodawca nie zastosował kryterium czasowego. Skutkiem tego państwo w latach 1989 – 2010  oddawało kościołowi nieruchomości odebrane im  przez władze zaborcze, a nawet monarchów, nie tylko w okresie PRL. Od decyzji Komisji Majątkowej nie było odwołania do sądu. Ponadto decyzje o zwrocie majątku zapadały na posiedzeniach niejawnych. Najbardziej na tej procedurze ucierpiały samorządy i zarządcy nieruchomości.