1. Wprowadzenie
Przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) – dalej o.p., przewidują, że w przypadku wystąpienia nadpłaty podatnik ma prawo do jej zwrotu. Wysokość nadpłaty określa albo podatnik albo organ podatkowy. Zwrot nadpłaty może być bezpośredni, tj. w formie pieniężnej lub pośredni, polegający na zaliczeniu jej na poczet zaległości podatkowych albo bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych. Procedura tego postępowania określona została w rozdziale 9 działu III ordynacji podatkowej, zatytułowanym „Nadpłata".

2. Pojęcie nadpłaty

Zgodnie z przepisami art. 72 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę:
1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku,
2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej,
3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji o odpowiedzialności podatkowej płatnika lub inkasenta, o której mowa w art. 30 § 4 o.p., określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej,
4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej.
Jednocześnie, w przypadku gdy wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę.

3. Forma i sposób określenia wysokości kwoty podlegającej zwrotowi
Wysokość nadpłaty określa co do zasady organ podatkowy. Stanowi o tym przepis art. 74a o.p. Wyjątek dotyczy przypadków, o których mowa w art. 73 § 2 i art. 74 o.p.
Procedurę zwrotu nadpłaty inicjuje w tych przypadkach wykazanie nadpłaty:
1) w zeznaniu rocznym przez podatników podatku dochodowego,
2) w deklaracji podatku akcyzowego przez podatników podatku akcyzowego,
3) w deklaracji o wpłatach z zysku za rok obrotowy przez jednoosobowe spółki Skarbu Państwa i przedsiębiorstwa państwowe,
4) we wniosku o zwrot nadpłaty powstałej w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, gdy podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 o.p.:
a) złożył jedną z deklaracji, o których mowa w art. 73 § 2 o.p. lub inną deklarację, z której wynika wysokość zobowiązania podatkowego (konieczne jest złożenie skorygowanej deklaracji),
b) został rozliczony przez płatnika (również niezbędne jest złożeniem zeznania (deklaracji), o którym mowa w art. 73 § 2 pkt 1 o.p.,
c) nie był obowiązany do składania deklaracji.

Stosownie do przepisów art. 75 § 1 i 2 o.p. o stwierdzenie nadpłaty mogą wystąpić:
1) podatnicy, jeżeli kwestionują zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku,
2) podatnicy, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 o.p., jeżeli:
a) w zeznaniach (deklaracjach), o których mowa w art. 73 § 2 o.p., wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek albo wykazali nadpłatę w wysokości mniejszej od należnej,
b) w deklaracjach innych niż wymienione w art. 73 § 2 pkt 2 i 3 o.p., z wyjątkiem deklaracji dotyczącej zaliczek na podatek dochodowy, wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek, o ile ustawy podatkowe nie przewidują innego trybu zwrotu podatku,
c) niebędąc obowiązanymi do składania zeznań (deklaracji), dokonali wpłaty podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej.
3) płatnicy lub inkasenci, jeżeli:
a) w złożonej deklaracji wykazali oraz wpłacili podatek w wysokości większej od wysokości pobranego podatku,
b) w złożonej deklaracji wykazali oraz wpłacili podatek w wysokości większej od należnej,
c) niebędąc obowiązanymi do składania deklaracji, wpłacili podatek w wysokości większej od należnej.
4) osoby, które były wspólnikami spółki cywilnej w chwili rozwiązania spółki, w sytuacjach określonych w art. 75 § 2 pkt 1 o.p.
Przepisy art. 75 § 3 i 4 o.p. stanowią z kolei, że w przypadkach, w których podatnik, płatnik lub inkasent był obowiązany do składania deklaracji, równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wymagane jest złożenie skorygowanego zeznania (deklaracji). Jeśli prawidłowość tak skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę.
W przeciwnym przypadku zwrot nadpłaty winien być poprzedzony decyzją rozstrzygającą o wysokości nadpłaty. Wówczas gdy podatnik, płatnik lub inkasent nie był obowiązany do składania deklaracji, zwrot nadpłaty zawsze wymaga uprzedniego wydania decyzji stwierdzającej wysokość nadpłaty.
Z kolei mocy art. 75 § 3a i 5a o.p. w przypadku żądania stwierdzenia nadpłaty przez osoby, które były wspólnikami spółki cywilnej osoba taka jest obowiązana złożyć skorygowane zeznanie (deklarację) równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty oraz umowę spółki aktualną na dzień rozwiązania spółki. Zwrotu nadpłaty osobom, które były wspólnikami spółki cywilnej w chwili rozwiązania spółki, dokonuje się w proporcjach wynikających z prawa do udziału w zysku określonego w umowie spółki. Jeżeli z dołączonej umowy nie wynikają te udziały w zysku, przyjmuje się, że prawa do udziału w zysku są równe.

4. Pośredni zwrot nadpłaty

Pośredni zwrot nadpłat polega na zaliczeniu ich z urzędu, zgodnie z przepisami art. 76 § 1 o.p., wraz z ich oprocentowaniem, na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a o.p., oraz bieżących zobowiązań podatkowych.
W razie braku zaległych lub bieżących zobowiązań podatkowych nadpłaty podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie ich w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Odwrotna zasada obowiązuje w przypadku nadpłat, których wysokość nie przekracza wysokości kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym. Podlegają one zaliczeniu, w razie braku zaległych lub bieżących należności podatkowych, na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, chyba że podatnik wystąpi o ich zwrot. Stanowi o tym przepis art. 76 § 2 o.p.
Na mocy przepisu § 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 listopada 2001 r. w sprawie wysokości kosztów upomnienia skierowanego przez wierzyciela do zobowiązanego przed wszczęciem egzekucji administracyjnej (Dz. U. Nr 137, poz. 1543), koszty upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym wynoszą czterokrotną wartość opłaty dodatkowej pobieranej przez państwowe przedsiębiorstwo użyteczności publicznej „Poczta Polska" za polecenie przesyłki listowej. Zarządzeniem nr 178 Dyrektora Generalnego Poczty Polskiej z dnia 22 listopada 2005 r. w sprawie opłat za usługi pocztowe w obrocie krajowym obowiązującym od 1 stycznia 2006 r. opłata dodatkowa za polecenie przesyłki poleconej wynosi 2,20 zł. Tak więc wysokość kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym wynosi 8,80 zł.

Na podstawie art. 76 § 3 o.p. zasady naliczania nadpłaty podatnika stosuje się odpowiednio do zaliczania nadpłaty płatnika lub inkasenta na poczet jego zaległości podatkowych, bieżących zobowiązań podatkowych lub zobowiązań powstałych w związku z wykonywaniem obowiązków płatnika lub inkasenta.
Z kolei na mocy art. 76 § 4 o.p. przepisy art. 76 § 1 i 2 o.p. stosuje się odpowiednio do osób, które były wspólnikami spółki cywilnej w chwili rozwiązania spółki.
Zgodnie z art. 76a § 1 o.p., w sprawach zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych organ podatkowy wydaje postanowienie. Na postanowienie to służy zażalenie. W przypadku zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych przepisy art. 55 § 2 i art. 62 § 1 o.p. stosuje się odpowiednio. Zatem, jeżeli zaliczona kwota nadpłaty nie pokrywa kwoty zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, kwotę nadpłaty zalicza się proporcjonalnie na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę w stosunku, w jakim, w dniu zaliczenia nadpłaty, pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania z różnych tytułów, kwotę nadpłaty zalicza się na poczet podatku, począwszy od zobowiązania o najwcześniejszym terminie płatności, chyba że podatnik wskaże, na poczet którego zobowiązania należy zaliczyć nadpłatę.

Na podstawie art. 76 § 2 o.p., zaliczenie nadpłaty na poczet zaległości podatkowych następuje z dniem:
1) powstania nadpłaty - w przypadkach, o których mowa w art. 73 § 1 pkt 1-3 i 5 oraz § 2 o.p.,
2) złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
Sądy administracyjne wielokrotnie wypowiadały się w kwestii zaliczenia nadpłaty.
NSA w wyroku z dnia 30 czerwca 2004 r., FSK 213/2004, Prz. Pod. 2004, nr 11, s. 60, orzekł, że po ogłoszeniu upadłości organy podatkowe tracą uprawnienie do korzystania z instytucji zaliczenia nadpłaty w trybie określonym w przepisie art. 75 o.p., a zaległości te powinny być realizowane i podlegać regułom zaspokojenia wierzytelności publicznoprawnych wyznaczonych przepisami Prawa upadłościowego.