1. Zmiana definicji małego podatnika

Jedną ze zmian, jakie miały miejsce w u.p.t.u. jest inne sformułowanie definicji „małego podatnika”. Obok zmian redakcyjnych dokonano przede wszystkim podniesienia limitów obrotów z zeszłego roku, do wysokości których podmiot jest małym podatnikiem. I tak:
1) dla podmiotu prowadzącego przedsiębiorstwo maklerskie, zarządzającego funduszami
inwestycyjnymi, będącego agentem, zleceniobiorcą lub inną osobą świadczącą usługi o podobnym charakterze, z wyjątkiem komisu – limit wynosi równowartość 45.000 euro (było 30.000 euro);
2) dla podmiotów pozostałych – limit wynosi równowartość 1.200.000 euro (było 800.000 euro).
Powyższy limit (jak wynika z przepisów przejściowych) ma zastosowanie już w 2009 r., co oznacza, że podatnicy mogą korzystać z uprawnień małych podatników, nawet jeśli w zeszłym roku podatkowym ich obroty przekroczyły równowartość 800.000 euro (odpowiednio 30.000 euro), lecz nie były wyższe niż równowartość 1.200.000 euro (odpowiednio 45.000 euro).

2. Wieczyste użytkowanie gruntów

W dotychczasowym stanie prawnym istniały wątpliwości, co do sposobu kwalifikacji na gruncie VAT czynności, których przedmiotem było prawo wieczystego użytkowania gruntów (ustanowienia tego prawa oraz sprzedaży tego prawa). Istniały spory co do tego, czy jest to świadczenie usług, czy też dostawa towarów. W jakiejś mierze rozstrzygające znaczenie miała uchwała NSA z dnia 8 stycznia 2007 r., I FPS 1/06, ONSAiWSA 2007, nr 2, poz. 27, w której uznano, że wieczyste użytkowanie traktować należy jako dostawę towarów. Nie wyjaśniało to wszakże wszystkich problemów, a nawet implikowało nowe (np. z określeniem momentu powstania obowiązku podatkowego). W związku z tym ustawodawca ostatecznie zdecydował się na prawne uregulowanie tej kwestii.
Ustanowienie wieczystego użytkowania gruntów zostało jednoznacznie i wyraźnie określone jako dostawa towarów. Za dostawę towarów uznano także wyraźnie czynność przeniesienia prawa wieczystego użytkowania gruntów.

Określono także szczególny moment powstania obowiązku podatkowego w odniesieniu do czynności dotyczących prawa wieczystego użytkowania. Powstaje on z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż z upływem terminu płatności poszczególnych opłat pobieranych z tego tytułu.
Podatnicy, którzy oddali grunt w użytkowanie wieczyste, i którzy rozliczyli w całości podatek (traktując powyższą czynność jako dostawę towarów) nie mają obecnie obowiązku korygowania podatku należnego i corocznego rozliczania go, zgodnie z art. 19 ust. 16b u.p.t.u. Nawet w przypadku późniejszego podwyższenia podstawy opodatkowania (zwiększenia wysokości opłat rocznych), tacy podatnicy nie będą mieli obowiązku korekty podatku.
W sytuacji zatem, w której oddanie gruntu w użytkowanie wieczyste – a więc dostawa towarów w rozumieniu u.p.t.u. – dotyczyłoby gruntu zabudowanego budynkami, to wówczas opłaty z tytułu wieczystego użytkowania mogłyby wchodzić w skład podstawy opodatkowania z tytułu dostawy budynków. Ustawodawca zdecydował się na inne rozwiązanie. Przyjęto bowiem – poprzez dodanie art. 29 ust. 5a u.p.t.u. – że sposób opodatkowania budynków będących przedmiotem dostawy, nie będzie miał wpływu na sposób opodatkowania opłat pobieranych z tytułu oddania gruntu w użytkowanie wieczyste. W przypadku oddania gruntu w użytkowanie wieczyste z dokonywaną równocześnie dostawą budynków, bądź budowli (ich części) posadowionych na tym gruncie, podstawa opodatkowania musi być ustalona odrębnie dla gruntu i odrębnie dla budynków, budowli (ich części).

3. Zwrot nadwyżki podatku po remanencie

W dotychczasowym stanie prawnym istniały problemy z odzyskaniem ewentualnej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, która pozostała po sporządzeniu remanentu. Problemy dotyczyły przede wszystkim rozwiązywanych spółek osobowych, gdyż po rozwiązaniu spółki nie było już podmiotu, któremu można by zwrócić nadwyżkę podatku.

W orzecznictwie dokonywano korygującej wykładni tych przepisów, mającej pozwolić na zwrot podatku także po rozwiązaniu spółki, bądź zaprzestaniu działalności – zob. np. wyrok WSA w Lublinie z dnia 21 lutego 2007 r., I SA/Lu 726/06, Mo. Pod. 2007, nr 12, s. 27, czy też wyrok WSA w Łodzi z dnia 28 maja 2008 r., I SA/Łd 400/08.

Z dniem 1 grudnia 2008 r. wprowadzono przepisy art. 14 ust. 9a-9j u.p.t.u. określające zasady zwrotu nadwyżki podatku pozostałego po zakończeniu działalności i sporządzeniu remanentu. Art. 14 ust. 9a u.p.t.u. gwarantuje osobom, o których mowa, prawo do otrzymania zwrotu nadwyżki podatku. Zgodnie z nim osobom fizycznym, które zaprzestały działalności oraz osobom, które były wspólnikami spółek w dniu ich rozwiązania (byli wspólnicy), przysługuje prawo zwrotu różnicy podatku wykazanego w deklaracji podatkowej za okres, w którym odpowiednio te osoby lub spółki były podatnikami zarejestrowanymi jako podatnicy VAT czynni.

Prawo do zwrotu dotyczy różnicy podatku nie tylko za ostatni okres rozliczeniowy (w którym sporządzony był remanent likwidacyjny), ale także za każdy inny poprzedni okres rozliczeniowy.

W sposób szczególny unormowano problematykę zwrotu podatku dla osób będących wspólnikami rozwiązanych spółek osobowych. Osoby te nie muszą składać szczególnego wniosku o zwrot nadwyżki podatku (podatku naliczonego). Konieczne jest jednak dołączenie przez nie do deklaracji podatkowej, z której wynika zwrot, pewnych dokumentów umożliwiających dokonanie zwrotu. Są to:
1) umowa spółki, aktualna na dzień rozwiązania spółki;
2) wykaz rachunków bankowych byłych wspólników w banku mającym siedzibę na terytorium kraju lub rachunków byłych wspólników w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej (dalej: SKOK), której są członkami, na które ma być dokonany zwrot różnicy podatku.

Zwrot byłym wspólnikom następuje w proporcji do udziałów w zyskach spółki (co określa się na podstawie przedłożonej przez byłych wspólników umowy spółki). Jeśli w umowie tego nie określono – przyjmuje się, że prawa do zysku są równe.

Zwrot dla byłych wspólników dokonywany jest na wskazane przez nich rachunki bankowe (względnie rachunek w SKOK, której dana osoba jest członkiem).
Zwrot nadwyżki podatku (podatku) dla osób, o których mowa, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia. Jeśli zasadność zwrotu wymaga weryfikacji, organ podatkowy może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.