Wyjaśnieniu tych wątpliwości może służyć wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z dnia 14 lutego 2008 r., sygn. akt I SA/Bk 10/08. W sprawie będącej przedmiotem rozpoznania sądu podatnik – osoba fizyczna prowadził działalność gospodarczą. Przedmiotem tej działalności były usługi prowadzenia ksiąg rachunkowych, najem lokali oraz handel wyrobami tytoniowymi i kartami telefonicznymi. W toku kontroli skarbowej organy podatkowe stwierdziły, że podatnik zawyżył związane z tą działalnością koszty uzyskania przychodów. Zdaniem organów podatkowych doszło do tego między innymi w wyniku nieprawidłowego ustalenia wartości początkowej środków trwałych lokalu użytkowego, a w konsekwencji, zawyżenia odpisów amortyzacyjnych. Środki trwałe figurujące w ewidencji firmy podatnika były poprzednio ujęte w ewidencji środków trwałych i amortyzowane w jednej ze spółek cywilnych. Wspólnikiem tej spółki, do czasu jej likwidacji w dniu 31 grudnia 2000 r. był podatnik.

W opinii organów podatkowych wartość początkową i amortyzację tych środków trwałych należało przyjąć w wartościach początkowych, jakie figurowały w ewidencji spółki cywilnej z uwzględnieniem ich dotychczasowego umorzenia oraz udziału podatnika we własności każdego środka trwałego. Podatnik powinien też kontynuować metodę amortyzacji przyjętą w spółce cywilnej.

Podatnik złożył skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku.
Sąd uznał skargę podatnika za nieuzasadnioną i ją oddalił. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że podziela stanowisko organów skarbowych, co do zakwestionowania u podatnika kosztów uzyskania przychodu z tytułu dokonanych odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych amortyzowanych wcześniej w spółce cywilnej.

W myśl art. 22g ust. 12 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz.U. z 2000 r., nr 14, poz. 176 z póżn. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.) w razie zmiany formy prawnej, a także połączenia albo podziału podmiotów dokonywanych na podstawie odrębnych przepisów - wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych ustala się w wysokości wartości początkowej określonej w ewidencji (wykazie) podmiotu o zmienionej formie prawnej, podzielonego albo połączonego. Przepis art. 22g ust. 13 pkt 2 u.p.d.o.f. stanowi zaś, iż przepis ust. 12 stosuje się odpowiednio w razie zmiany formy prawnej prowadzonej działalności, polegającej na połączeniu lub podziale dotychczasowych podmiotów albo zmianie wspólników spółki nie będącej osobą prawną. Podmioty powstałe w wyniku zmiany formy prawnej, podziału albo połączenia podmiotów, o których mowa w art. 22g ust. 12 lub 13, dokonują natomiast odpisów amortyzacyjnych z uwzględnieniem dotychczasowej wysokości odpisów oraz kontynuują metodę amortyzacji przyjętą przez podmiot o zmienionej formie prawnej, podzielony albo połączony (art. 22h ust. 3 u.p.d.o.f.). Z art. 22g ust. 11 u.p.d.o.f. wynika, że w razie gdy składnik majątku stanowi współwłasność podatnika, wartość początkową tego składnika ustala się w takiej proporcji jego wartości, w jakiej pozostaje udział podatnika we własności tego składnika majątku.

W ocenie sądu w omawianej sprawie organy podatkowe słusznie przyjęły, że podatnik powinien dokonać amortyzacji środków trwałych zgodnie z art. 22g ust. 1 pkt 3 u.p.d.o.f. i przyjąć wartość początkową tych środków trwałych w wartościach początkowych, jakie figurowały w ewidencji zlikwidowanej spółki cywilnej, z uwzględnieniem ich dotychczasowego umorzenia oraz udziału podatnika we własności każdego z środków trwałych. W gruncie rzeczy nastąpiła bowiem kontynuacja prowadzenia przez podatnika działalności gospodarczej, tyle tylko, że w innej formie.
Sąd stwierdził, że w omawianej sprawie nastąpiła zmiana formy prowadzonej działalności, o której mowa w art. 22g ust. 13 pkt 2 u.p.d.o.f. Nastąpił swego rodzaju podział prowadzonej przez wspólników działalności gospodarczych w formie spółki cywilnej na prowadzone przez nich samodzielne działalności gospodarcze. Mamy więc do czynienia ze zmianą formy działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika, a nie z jej likwidacją. Sąd podkreślił, że podmiotem podatku dochodowego jest osoba fizyczna, a nie spółka cywilna. Dlatego też niczym uzasadnione byłoby preferowanie podatników (osób fizycznych), którzy faktycznie kontynuują działalność gospodarczą w zmienionej jedynie formie prawnej i umożliwienie takim podmiotom dokonywania niejako „od początku" amortyzacji tych samych środków trwałych, od których już raz dokonywali odpisów amortyzacyjnych, działając w ramach spółki cywilnej. W ten sposób, poprzez nowe odpisy amortyzacyjne, sztucznie tworzone byłyby koszty uzyskania przychodu.

Reasumując stwierdzić należy, że podatnik, który najpierw amortyzował środki trwałe w ramach spółki cywilnej, później natomiast te same środki trwałe amortyzuje prowadząc działalność gospodarczą w innej formie (samodzielnie), powinien w świetle art. 22g ust. 13 pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych kontynuować amortyzację z uwzględnieniem dotychczasowych odpisów amortyzacyjnych oraz udziału podatnika we własności każdego ze środków trwałych.