Chodzi o zwolnienie od podatku dochodowego przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz.U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm., dalej: u.p.d.o.f.). W myśl tego przepisu wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika jeżeli:
a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO przyznawanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Wiele spraw o interpretację wymienionego wyżej przepisu trafia do rozstrzygnięcia do sądów administracyjnych. Np. w jednej ze spraw rozpoznawanych przez Wojewódzki Sąd Administracyjnego w Bydgoszczy (wyrok z dnia 29 grudnia 2009 r., sygn. akt I SA/Bd 845/09) podatniczka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2006 r. We wniosku podała, że była zatrudniona w Urzędzie Marszałkowskim Województwa jako pracownik bezpośrednio zaangażowany we wdrażanie Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego (dalej: ZPORR). Wynagrodzenie podatniczki ujęte było w kosztach projektu współfinansowanego w ramach Pomocy Technicznej Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Środki przekazywane na wynagrodzenie pochodziły z budżetu województwa i były refundowane w roku 2006 w 74,99%.
Organy podatkowe uznały, że dochody uzyskane w 2006 r. z prac wykonywanych w ramach ZPORR w całości podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych i nie korzystają ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., ponieważ nie można uznać, że podatniczka wykonując zadania na rzecz beneficjenta na podstawie umowy o pracę realizowała cel bezpośrednio z bezzwrotnej pomocy, tj. cel na jaki zostały uzyskane fundusze.

Podatniczka wniosła odwołanie od decyzji dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy. W uzasadnieniu skargi podała, że użycie w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. słowa „zleca" oznacza zastosowanie go w kontekście umowy zlecenia, umowy o świadczenie usług, umowy o dzieło, umowy o roboty budowlane, a nie umowy o pracę. Podatniczka stwierdziła, że gdyby ustawodawca chciał, aby zwolnienie wynikające z powołanego przepisu nie odnosiło się do pracowników podatnika bezpośrednio realizującego cel programu, to przepis ten otrzymałby brzmienie, wyłączające literalnie pracowników (zatrudnionych na umowę o pracę).
Sąd uznał skargę podatniczki za bezzasadną i ją oddalił. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że ustawodawca regulując zwolnienie przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f., wskazał na dwie przesłanki umożliwiające skorzystanie z ulgi:
1) dochody te są finansowane przez podmioty zewnętrzne (rządy państw obcych, organizacje międzynarodowe, międzynarodowe instytucje finansowe) ze środków bezzwrotnej pomocy;
2) podatnik uzyskujący te dochody bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy.
Do skorzystania ze zwolnienia niezbędne jest wystąpienie w/w przesłanek łącznie – podkreślił sąd.

Zdaniem sądu sposób sformułowania art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. nie pozwala na rozszerzenie kręgu podmiotów zwolnionych na te osoby, które otrzymują środki za pośrednictwem już objętych zwolnieniem podatników. Sąd podkreślił, że zwolnienia, jako wyjątek od zasady powszechności opodatkowania muszą być interpretowane zarówno bez dokonywania wykładni rozszerzającej, jak i zawężającej danego przepisu prawa podatkowego. W ocenie sądu podatniczka nie realizowała bezpośrednio celu programu. Cel ten realizował Urząd Marszałkowski, który otrzymał środki unijne na realizację programu. Podatniczka wykonywała jedynie pewne czynności powierzone jej na podstawie umowy o pracę przez tego beneficjenta.
Reasumując stwierdzić należy, że podatnikiem realizującym bezpośrednio cel programu może być jedynie podmiot, któremu powierzono w sensie ekonomicznym i technicznym realizację konkretnego projektu i który ponosi pełną odpowiedzialność za prawidłowe jego wykonanie. W konsekwencji uzyskany przez niego dochód z tego tytułu korzysta ze zwolnienia, o jakim mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Natomiast dochody osób fizycznych, tj. pracowników, czy też innych podmiotów fizycznie wykonujących określone czynności w związku z realizowanym programem nie podlegają zwolnieniu od podatku dochodowego.