W sprawie, która stała się przedmiotem rozstrzygnięcia Trybunału obecnie Leszek B., prowadzący zakład pracy chronionej o takim właśnie statusie, wystąpił z wnioskiem do organów skarbowych o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2003. Zdaniem podatnika, sytuacja, w jakiej znalazł się po nowelizacji z 20 listopada 1999 r., kwalifikuje go do grona podmiotów, do których odnosi się wyrok TK z 25 czerwca 2002 r. Leszek B. wskazał, że nadpłatę podatku stanowi różnica pomiędzy kwotami zwolnienia na podstawie przepisów dotychczasowych, a kwotami zwrotu VAT otrzymanego z urzędu skarbowego, w myśl tych przepisów, lecz w brzmieniu ustalonym zakwestionowaną przez Trybunał Konstytucyjny nowelizacją. Organy obu instancji skarbowych odmówiły Leszkowi B. stwierdzenia nadpłaty. Uznały, że skoro przedsiębiorcy nadano status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, nie można uznać, że należy on do kręgu adresatów określonych wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. Leszek B. zaskarżył decyzję dyrektora izby skarbowej. W uzasadnieniu podkreślił, że niezmiennie od 1996 r. zakład spełnia warunki określone dla zakładu pracy chronionej na podstawie decyzji wydanej w oparciu o obowiązującą wówczas ustawę z 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych, która nie przewidywała określenia terminu obowiązywania decyzji. Decyzje wskazujące maksymalny termin ich obowiązywania wynoszący 3 lata wydawane były dopiero od 1998 r. na podstawie nowej ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. (wymóg określania w decyzjach trzyletniego okresu ich trwałości zniesiony został ponownie od 1 lutego 2003 r.). Ponadto podatnik podkreślił, że nowa ustawa z 27 sierpnia 1997 r. nie różnicuje w żaden sposób sytuacji prawnej prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy status ten posiadają na podstawie ustawy z 1991 r., w stosunku do sytuacji podmiotów posiadających taki status przyznany decyzją wskazującą maksymalny termin jej obowiązywania. Skoro brak zróżnicowania w zakresie praw i obowiązków wynikających z tej ustawy obu grup podmiotów, to nie ma podstaw do różnicowania ich uprawnienia do stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług – podkreślał Leszek B.
Sprawa na skutek skargi podatnika trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy. WSA w Bydgoszczy rozpatrując o legalności zaskarżonej decyzji dyrektora izby skarbowej powziął wątpliwość co do zgodności kwestionowanego przepisu z konstytucją w zakresie, w jakim, nie przewidując przepisów przejściowych, zmienił zasady wyliczenia kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładów pracy chronionej, które na dzień 30 listopada 1999 r. miały status zakładów pracy chronionej nadany bezterminowymi decyzjami wydanymi na podstawie ustawy z 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych. Przesłanka istnienia wydzielonych ram czasowych, którą Trybunał Konstytucyjny wskazał w wyroku z 25 czerwca 2002 r. w sposób istotny różnicuje sytuację prawną podmiotów znajdujących się w jednakowej sytuacji, stwarzając ochronę prawną jedynie określonej części takich podmiotów, bez dostrzeżenia praw podmiotów, których reprezentuje skarżący. W ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy kwestionowany przepis narusza konstytucyjną zasadą równości.
Po przeprowadzeniu rozprawy Trybunał orzekł, że art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym jest zgodny z zasadą ochrony interesów w toku wyrażoną w art. 2 konstytucji oraz z art. 32 konstytucji.
W ocenie Trybunału zmiany zasad wyliczenia kwoty podatku VAT podlegającej zwrotowi na rzecz zakładów pracy chronionej zgodne z konstytucją. Jak wspomniałam wyżej zaskarżony przez podatnika art. 1 pkt 8 ustawy zmieniającej ustawę o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym nadawał nowe brzmienie art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Dotychczasowe zwolnienie prowadzącego zakład pracy chronionej od wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku od towarów i usług zostało zastąpione prawem do otrzymania zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług w całości lub w części według zasad określonych tym artykule.
Trybunał uznał, że zakwestionowany przepis nie naruszał zasady ochrony interesów w toku. Zachowane zostały podstawowe wymogi legislacyjne dotyczące kwestionowanej zmiany tj. zmiana przywileju nastąpiła z początkiem nowego roku podatkowego, zachowana została także vacatio legis, której okres wynosił 1 miesiąc. Natomiast rezygnacja z przepisów przejściowych spowodowana była koniecznością ochrony innych wartości konstytucyjnych tj. troską o dobro publiczne poprzez przeciwdziałanie nadużyciom podatkowym na szeroka skalę, a także faktem, że zwolnienie z wpłat nie zostało całkowicie wyeliminowane, ale zastąpione innym - prawem do zwrotu części lub całości wpłaconego podatku – stwierdził Trybunał. Zakwestionowana zmiana wynikała także z obowiązku dostosowania przepisów o podatku od towarów i usług do wymogów Unii Europejskiej.
Trybunał nie znalazł także podstaw, aby uznać art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy zmieniającej z 1999 r. w brzmieniu obowiązującym po wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r., sygn. K 45/01 za niezgodny z art. 32 Konstytucji. Wyrok Trybunału Konstytucyjnego w sprawie K 45/01 dotyczył zakładów pracy chronionej innego typu tj. takich, które status ten uzyskały na podstawie ustawy z 1997 r. tj. na czas określony. Trybunał Konstytucyjny w uzasadnieniu tamtego wyroku podkreślił, że w jego ocenie wprowadzone zmiany znajdowały podstawę w wartościach konstytucyjnych, jednak „ustawodawca przewidując trzyletni okres obowiązywania decyzji o przyznaniu statusu zakładu pracy chronionej określił tym samym horyzont czasowy dla planowania przez prowadzących zakłady pracy chronionej przyszłych działań związanych z korzystaniem z określonych w ustawach uprawnień i realizacją określonych w nich obowiązków". Natomiast w przypadku zakładów pracy chronionej, którym status ten przyznany został bezterminowo ustawodawca korzystał ze znacznie większej swobody wynikającej chociażby z braku dającego się jednoznacznie wyznaczyć czasu. W omawianej sprawie Trybunał uznał, że zakłady pracy chronionej, uzyskując taki status bezterminowo, znajdowały się w odmiennej sytuacji prawnej - niż podmioty, które status ten otrzymały jedynie na okres 3 lat i tylko w tym wyznaczonym okresie korzystać mogły ze szczególnych uprawnień, w tym przywilejów podatkowych. Ze względu na brak wyznaczenia jakichkolwiek ram czasowych korzystania z uprzywilejowanej pozycji, musiały się jednak liczyć z możliwością zmiany ich sytuacji prawnej – podsumował Trybunał.
Wyrok jest ostateczny (wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 8 stycznia 2009 r., sygn. akt P 6/07) .