Uprawnienia organów podatkowych zostały nadane Szefom: Agencji Wywiadu, Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Centralnego Biura Antykorupcyjnego, Kontrwywiadu Wojskowego i Służby Wywiadu Wojskowego w odniesieniu do uzyskanych od tych organów przychodów ze stosunku służbowego, stosunku pracy lub z działalności wykonywanej osobiście podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych na ogólnych zasadach tj. przy zastosowaniu skali podatkowej.
Nadawane uprawnienia obejmują uprawnienia naczelnika urzędu skarbowego oraz dyrektora izby skarbowej opisane przedmiotowo w rozporządzeniu. Szefowie służb specjalnych uzyskali m.in. prawo do weryfikacji prawidłowości rozliczeń w ramach postępowania podatkowego (w tym czynności sprawdzających, kontroli podatkowej oraz trybów nadzwyczajnych). W ich gestii będzie pozostawało także wydawanie zaświadczeń w zakresie dotyczącym podatku dochodowego od osób fizycznych i stwierdzanie nadpłat.
Uprawnienia te będą realizowane z zachowaniem zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego, jednak organem podatkowym wyższego stopnia będzie w tym przypadku ten sam organ, który wydał decyzję podatkową wykonując uprawnienia organu podatkowego pierwszej instancji. Nie będzie to jednak pozbawiać funkcjonariuszy, pracowników i żołnierzy służb specjalnych prawa do sądu, czyli możliwości zaskarżenia decyzji wydanej przez szefa danej służby jako organ drugiej instancji, do sądu administracyjnego.
Rozporządzenie Rady Ministrów z 23 marca 2012 r. w sprawie nadania uprawnień organów podatkowych (Dz. U. z 2012 r., poz.363) ma zastosowanie również do przychodów uzyskanych przed jego wejściem w życie.