Brzmienie przepisu art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT pozwala wyodrębnić dwie grupy stypendiów podlegających zwolnieniu:
- stypendia otrzymywane na podstawie ustawy o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki oraz stypendia doktoranckie otrzymywane na podstawie ustawy - Prawo o szkolnictwie wyższym.
- inne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, które mogą być przyznawane przez różnego rodzaju instytucje (np. szkoły), organy administracji rządowej, jednostki samorządu terytorialnego, czy organizacje społeczne, w ramach prowadzonej przez nie działalności.

W przypadku tej drugiej grupy, aby zachowany został charakter stypendiów (naukowych i za wyniki w nauce), wprowadzono dodatkowy warunek zastosowania omawianego zwolnienia - konieczność zatwierdzenia zasad ich przyznawania przez ministra do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania.

W praktyce stosowania powyższego zwolnienia pojawiły się wątpliwości, czy do drugiej grupy stypendiów, można zaliczyć także stypendia naukowe otrzymywane na podstawie innych ustaw, np. stypendia naukowe dla wybitnych młodych naukowców, otrzymywane na podstawie art. 28 ust. 2 ustawy o zasadach finansowania nauki. Przyznaje je minister właściwy do spraw nauki, a szczegółowe zasady ich przyznawania reguluje rozporządzenie w sprawie kryteriów i trybu przyznawania nagród za wybitne osiągnięcia naukowe lub naukowo-techniczne oraz stypendiów naukowych dla wybitnych młodych naukowców, którego projekt został zaopiniowany przez Radę Główną Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Skoro więc dla objęcia określonego stypendium naukowego zwolnieniem z art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT wystarcza samo zatwierdzenie przez ministra zasad przyznawania tego stypendium, po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego, to tym bardziej warunek ten należy uznać za spełniony wówczas, gdy zasady przyznawania stypendiów naukowych zostały uregulowane przez samego ministra w wydanym przez niego rozporządzeniu, po zasięgnięciu opinii tej Rady.

Minister finansów uznał więc, że omawiane zwolnienie podatkowe może mieć także zastosowania do stypendiów naukowych i za wyniki w nauce, które otrzymywane są na podstawie innych ustaw niż wymienione w analizowanym zwolnieniu podatkowym, poprzez zakwalifikowanie ich do drugiej kategorii stypendiów, określonych w tym przepisie, pod warunkiem, że zasady ich przyznawania określone zostały w rozporządzaniu wydanym przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania albo w rozporządzeniu wydanym przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu, w ramach procedury opiniowania projektu rozporządzenia, opinii Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Interpretacja ogólna ministra finansów z 7 grudnia 2012 r., DD3/033/100/CRS/12/DD-679