1. Termin przechowywania faktur
Zgodnie z przepisami art. 88 § 1 i 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej o.p., podatnicy wystawiający rachunki są obowiązani kolejno je numerować i przechowywać kopie tych rachunków, w kolejności ich wystawienia, do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Zasadę tą stosuje się odpowiednio do podatników obowiązanych do żądania rachunków.
Zatem obowiązek przechowywania faktur dotyczy nie tylko wystawców, ale także co do zasady odbiorców faktur będących przedsiębiorcami.
Ponieważ faktury należy przechowywać do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego, w celu określenia tego terminu należy oprzeć się na przepisach art. działu III „Zobowiązania podatkowe” rozdziału 8 „Przedawnienie” o.p.
Na podstawie art. 70 § 1 o.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Zatem zasadą jest, że do tego terminu należy też przechowywać faktury.
Jednak podatnik obowiązany do przechowywania faktur powinien brać pod uwagę także wyjątki od tej reguły związane z przerwaniem lub zawieszeniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Zgodnie z art. 70 § 2 o.p. bieg terminu przedawnienia nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu:
1) od dnia wydania decyzji, o których mowa w art. 67a § 1 pkt 1 lub 2 o.p., do dnia terminu płatności odroczonego podatku lub zaległości podatkowej, ostatniej raty podatku lub ostatniej raty zaległości podatkowej,
2) od dnia wejścia w życie rozporządzenia w sprawie przedłużenia terminu płatności podatku, wydanego przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych, do dnia upływu przedłużonego terminu.
Z kolei na mocy art. 70 § 6 i 7 o.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego zostaje zawieszony z dniem:
1) wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania,
2) wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania,
3) wniesienia żądania ustalenia przez sąd powszechny istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa,
4) doręczenia postanowienia o przyjęciu zabezpieczenia, o którym mowa w art. 33d § 2 o.p., lub doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
Termin przedawnienia biegnie dalej od dnia następującego po dniu:
1) prawomocnego zakończenia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe,
2) doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, ze stwierdzeniem jego prawomocności,
3) uprawomocnienia się orzeczenia sądu powszechnego w sprawie ustalenia istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa,
4) wygaśnięcia decyzji o zabezpieczeniu,
5) zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.

Bieg terminu przedawnienia ulega też zawieszeniu, stosownie do art. 70a o.p., jeżeli możliwość ustalenia lub określenia zobowiązania podatkowego wynika z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania lub innych ratyfikowanych umów międzynarodowych, których stroną jest Rzeczpospolita Polska, a ustalenie lub określenie przez organ podatkowy wysokości tego zobowiązania uzależnione jest od uzyskania odpowiednich informacji od organów innego państwa. Zawieszenie terminu przedawnienia następuje od dnia wystąpienia przez organ podatkowy z wnioskiem do organu innego państwa do dnia uzyskania przez organ podatkowy żądanej informacji - jednak nie dłużej niż przez okres 3 lat. Zawieszenie terminu przedawnienia z tego tytułu może następować wielokrotnie; w takich przypadkach okres łącznego zawieszenia terminu przedawnienia nie może przekraczać 3 lat.
Natomiast bieg terminu przedawnienia przerywa, zgodnie z art. 70 § 3 i 4 o.p.:
1) ogłoszenie upadłości - termin ten biegnie na od dnia następującego po dniu uprawomocnienia się postanowienia o ukończeniu postępowania upadłościowego,
2) zastosowanie środka egzekucyjnego, o którym podatnik został zawiadomiony - termin ten biegnie na nowo od dnia następującego po dniu, w którym zastosowano środek egzekucyjny.
Poza tym art. 70 § 8 o.p. stanowi, że nie ulegają przedawnieniu zobowiązania podatkowe zabezpieczone hipoteką lub zastawem skarbowym, jednakże po upływie terminu przedawnienia zobowiązania te mogą być egzekwowane tylko z przedmiotu hipoteki lub zastawu.

2. Przechowywanie faktur elektronicznych
Zasady przechowywania faktur wystawionych w formie elektronicznej regulują przepisy rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz. U. Nr 133, poz. 1119) - dalej r.w.f.e.
Zgodnie z § 4 r.w.f.e. faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej, pod warunkiem że autentyczność ich pochodzenia i integralność ich treści będą zagwarantowane:
1) bezpiecznym podpisem elektronicznym w rozumieniu art. 3 pkt 2 ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym (Dz. U. Nr 130, poz. 1450, z późn. zm.), weryfikowanym za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu, lub
2) poprzez wymianę danych elektronicznych (EDI) zgodnie z umową w sprawie europejskiego modelu wymiany danych elektronicznych, jeżeli zawarta umowa, dotycząca tej wymiany, przewiduje stosowanie procedur gwarantujących autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych.
Na podstawie § 6 ust. 1 r.w.f.e. faktury wystawione lub otrzymane w formie elektronicznej przechowuje się na terytorium kraju w sposób umożliwiający, na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, organów podatkowych lub organów kontroli skarbowej, natychmiastowy, pełny i ciągły dostęp drogą elektroniczną tym organom do tych faktur, w szczególności zapewnienie możliwości udokumentowanego poboru i wykorzystania tych faktur przez te organy, w tym ich wydruku, jak również zapewnienie czytelności tych faktur.
Z kolei § 6 ust. 5 i 6 r.w.f.e. stanowi, że faktury przesłane w formie elektronicznej powinny być przechowywane przez ich wystawcę oraz odbiorcę w formie elektronicznej w formacie, w którym zostały przesłane, w sposób gwarantujący autentyczność ich pochodzenia i integralność ich treści, jak również ich czytelność przez cały okres ich przechowywania. Natomiast dane gwarantujące autentyczność pochodzenia i integralność treści każdej faktury przesłanej w formie elektronicznej powinny być przechowywane i udostępniane organom podatkowym i organom kontroli skarbowej na zasadach ustalonych dla tych faktur.

2.1. Przechowywanie faktur elektronicznych w innych niż Polska krajach UE

Na podstawie § 6 ust. 2-4 r.w.f.e. wystawione lub otrzymane w formie elektronicznej faktury mogą być przechowywane na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju, pod warunkiem (nie dotyczy to podmiotów niebędących podatnikami) uprzedniego poinformowania w formie pisemnej naczelnika urzędu skarbowego oraz naczelnika urzędu celnego właściwego w zakresie podatku akcyzowego, w odniesieniu do podatnika tego podatku, o miejscu ich przechowywania (adresie, a w przypadku gdy adres odnosi się do innego podmiotu niż podmiot, który wystawił lub otrzymał fakturę - również o nazwie tego podmiotu). Zasady określone w § 6 ust. 1 r.w.f.e. do faktur przechowywanych na terytorium kraju stosuje się odpowiednio.
Zmiany dotyczące miejsca przechowywania faktur w formie elektronicznej mogą być dokonywane pod warunkiem poinformowania w formie pisemnej naczelnika urzędu skarbowego oraz naczelnika urzędu celnego właściwego w zakresie podatku akcyzowego, w odniesieniu do podatnika tego podatku, niezwłocznie, nie później niż w terminie 7 dni od zaistnienia zmiany.

3. Przechowywanie faktur „papierowych”

Ponieważ z treści § 1 pkt 2 r.w.f.e. wynika wprost, że rozporządzenie to określa zasady przechowywania oraz tryb udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej faktur przesyłanych drogą elektroniczną, a więc zasad tych nie stosuje się do przechowywania faktur innych, niż przesyłane drogą elektroniczną. Należy zatem stosować odpowiednie przepisy rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337 z późn. zm.) - dalej r.z.p.n., gdyż jak wynika z § 1 pkt 2 r.z.p.n. określa ono m.in. szczegółowe zasady przechowywania faktur.
Zgodnie z § 19 ust. 1 r.z.p.n. faktury i faktury korygujące są wystawiane co najmniej w dwóch egzemplarzach, przy czym oryginał otrzymuje nabywca, a kopię zatrzymuje sprzedawca.
Z kolei § 21 ust. 1 i 2 r.z.p.n. stanowi, że podatnicy są obowiązani przechowywać oryginały i kopie faktur oraz faktur korygujących, a także duplikaty tych dokumentów do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Dokumenty te przechowuje się w oryginalnej postaci, w podziale na okresy rozliczeniowe i w sposób pozwalający na ich łatwe odszukanie.

Zdaniem organów podatkowych, wyrażonym m.in. w interpretacji indywidualnej Ministra Finansów - Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy - z dnia 25 lutego 2010 r., ITPP3/443-194/09/JK, http://sip.mf.gov.pl, z brzmienia § 19 r.z.n.p. wynika, że faktury powinny być wystawiane w formie materialnej w liczbie, co najmniej dwóch egzemplarzy - dwie sztuki tego samego dokumentu, gdzie oryginał faktury i faktury korygującej powinien zawierać wyraz „ORYGINAŁ”, a kopia faktury i faktury korygującej - wyraz „KOPIA”. Tak wystawione dokumenty w formie materialnej (oryginały i kopie faktur oraz faktur korygujących, a także duplikaty tych dokumentów) podatnicy są obowiązani przechowywać do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Na szczególną uwagę zasługuje w ocenie organów podatkowych § 21 ust. 2 r.z.n.p., w którym wskazano, że faktury przechowuje się w oryginalnej postaci w podziale na okresy rozliczeniowe i w sposób pozwalający na ich łatwe odszukanie. Nie jest zatem dopuszczalne przechowywanie kopii wystawianych faktur VAT wyłącznie w formie elektronicznej (bez ich drukowania), nawet jeśli istnieje możliwość ich odtworzenia w postaci wydruku, jeżeli oryginały tych dokumentów miały postać drukowaną (papierową). Przeciwnie, § 19 oraz § 21 ust. 2 r.z.n.p. nakładają na podatnika, w ocenie organów podatkowych, obowiązek przechowywania kopii faktur sprzedaży i faktur korygujących w oryginalnej postaci powstałej w momencie wystawienia oryginałów tych dokumentów. Nie istnieje bowiem podstawa prawna do zastosowania takiego trybu mieszanego, w którym z jednej strony faktury byłyby wystawione w formie papierowej, natomiast kopie faktur byłyby przechowywane w formie elektronicznej.
Nie ma zatem zdaniem organów podatkowych możliwości wystawienia oryginału faktury w formie papierowej i przechowywania kopii tej faktury w formie elektronicznej, gdyż dla formy papierowej oraz elektronicznej przewidziano odrębne uregulowania prawne. Normy regulujące wystawianie, przesłanie oraz przechowywanie faktur w formie elektronicznej jak i papierowej określono z uwzględnieniem specyfiki medium za pośrednictwem, którego faktury są w obrocie.

Podobnie m.in.:
– Minister Finansów - Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie - w interpretacji indywidualnej z dnia 12 lutego 2010 r., IPPP3/443-1123/09-2/MPe, http://sip.mf.gov.pl,
– Minister Finansów - Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach - w interpretacji indywidualnej z dnia 14 stycznia 2010 r., IBPP4/443-1348/09/EJ, http://sip.mf.gov.pl,
– Minister Finansów - Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy - w interpretacji indywidualnej z dnia 3 marca 2010 r., ITPP1/443-1163/09/AJ, http://sip.mf.gov.pl.
Odmienne stanowisko od prezentowanego przez organy podatkowe wyraził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 3 listopada 2009 r., I FSK 1169/08, LEX nr 519776.
W ocenie NSA wykładnia językowa obowiązujących przepisów nie daje jednoznacznej odpowiedzi na pytanie o sposób przechowywania faktur. Nie można udzielić odpowiedzi bez sięgnięcia do dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L Nr 347, s. 1) - dalej dyrektywa VAT.
Z wyroku NSA wynika, iż porównanie zapisu § 21 ust. 2 r.z.p.n. z zapisem art. 247 ust. 2 zdanie pierwsze dyrektywy VAT stanowiącym, że państwo członkowskie może wymagać przechowywania faktur w oryginalnej postaci, w jakiej zostały przesłane lub udostępnione, zarówno w formie papierowej, jak i elektronicznej, prowadzi do wniosku, że polski normodawca nie recypował dokładnie zapisu tej normy. Pominięcie zwrotu „w jakiej zostały przesłane lub udostępnione” otwiera pole do niejednoznacznej wykładni językowej. A to prowadzi do wniosku o konieczności poszukiwania treści normy prawnej przy zastosowaniu innych wykładni.
Z historycznego punktu widzenia forma przechowywania kopii faktur została ukształtowana na gruncie ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.) – dalej u.p.t.u.a., w innych realiach technicznych. Zatem w sytuacji gdy zmianie uległy te realia, a wykładnia językowa obecnie obowiązujących przepisów nie daje jednoznacznej odpowiedzi, należy rozważyć w ocenie NSA, czy dotychczasowe rozumienie przepisów o przechowywaniu kopii faktur nie odbywa się na zasadzie bezwładności i przyzwyczajeń, wynikających z praktyki ukształtowanej przez u.p.t.u.a.
NSA zauważył, że w żadnym przepisie r.z.p.n. nie mówi się o drukowanej kopii faktury. Oznacza to, że normodawca nie zastrzegł formy drukowanej jako jedynej możliwej do przechowywania.
Za istotną przesłankę wykładania omawianych przepisów należy zdaniem NSA uznać funkcję jaką pełni konieczność przechowywania kopii faktury. Jest to funkcja kontrolna. Zatem wykładnia winna ją uwzględniać. Z punktu widzenia funkcji jakie ma spełniać przechowywanie kopii faktur nie ma przeciwwskazań do istnienia „mieszanego” systemu wysyłania i przechowywania faktur, polegającego na wysyłaniu faktury w formie papierowej oraz przechowywaniu jej kopii w formie elektronicznej, z gotowością wydrukowania jej na każde żądanie uprawnionego organu. Za taką wykładnią przemawiają także względy celowościowe, jak ekologiczne czy ekonomiczne.

Jednocześnie z całym naciskiem NSA podkreślił, że podatnik mając obowiązek przechowywania kopii faktur, czy to formie drukowanej, czy to w formie elektronicznej, ponosi wszelkie ryzyko ich utraty. Z punktu widzenia obowiązków podatnika jest zupełnie obojętne, czy zostaną ukradzione bądź zniszczone kopie papierowe faktur, czy nośniki pamięci, na których zarejestrowane zostały kopie faktur. Istota przechowywania kopii faktur sprowadza się bowiem do przechowywania nośników informacji.
NSA uznał w związku z powyższym, że jeśli normodawca nie wyklucza jakiejś formy przechowywania informacji, to do podatnika powinien należeć wybór tych nośników, przy jednoczesnym obowiązku zaprezentowania uprawnionym organom tych informacji w żądanej przez nie formie.
Zdaniem NSA do wydania takiego rozstrzygnięcia zobowiązuje także zasada proporcjonalności, wyrażona w art. 5 ust. 3 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską (Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864/2 z późn. zm.) – dalej TWE, a następnie doprecyzowana przez Trybunał Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich (np. w sprawie C-446/03 Marks&Spencer, czy też C-361/96 Sociale Generale). Z zasady tej wynika, że państwa członkowskie mogą nakładać na obywateli tylko takie obowiązki (stosować tylko takie środki), które są niezbędne dla osiągnięcia celów zakładanych przez dyrektywy. Obowiązek przechowywania faktur w formie papierowej, w sytuacji gdy inne metody przechowywania faktur również zapewniają realizację celów art. 246 dyrektywy VAT, tj. zapewnienia przez cały okres przechowywania faktur autentyczności pochodzenia i integralności treści faktur, a także ich czytelności, jest obowiązkiem nadmiernie dolegliwym i narusza wspomnianą zasadę.