W przedmiotowej sprawie organy kontroli skarbowej wszczęły wobec podatnika postępowanie kontrolne obejmujące swoim zakresem m.in. prawidłowość opodatkowania czynności cywilnoprawnych w kontrolowanym okresie. Dwa tygodnie po wszczęciu kontroli podatnik złożył deklarację PCC od umowy pożyczki i wpłacił na konto urzędu skarbowego należny podatek.
Organ uznał, że w związku z powołaniem się przez podatnika na fakt zawarcia umowy pożyczki dopiero w toku postępowania kontrolnego zastosowanie znajdzie 20 proc. sankcyjna stawka PCC.

Podatnik zarzucił organom podatkowym błędną wykładnię przepisów i nieuprawnione objęcie podatnika sankcyjną stawką PCC. W ocenie podatnika okoliczność, iż przed powołaniem się na fakt zawarcia pożyczki przed organem kontroli skarbowej podatek od tej czynności został zapłacony, chociażby zapłata ta miała miejsce już w trakcie toczącego się postępowania kontrolnego sprawia, że brak jest podstaw do zastosowania stawki 20 proc. podatku.

Sprawa trafiła do NSA. Zdaniem sądu działanie organu podatkowego uznać należało za prawidłowe. Stosownie do art. 7 ust. 5 pkt 1 PCC stawka podatku wynosi 20 proc., jeżeli przed organem podatkowym lub organem kontroli skarbowej w toku czynności sprawdzających, postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub postępowania kontrolnego podatnik powołuje się na fakt zawarcia umowy pożyczki, depozytu nieprawidłowego lub ustanowienia użytkowania nieprawidłowego albo ich zmiany, a należny podatek od tych czynności nie został zapłacony.
Według sądu gdyby przyjąć tok rozumowania prezentowany przez podatnika, zgodnie z którym złożenie stosownej deklaracji oraz zapłata podatku mogą mieć miejsce również w toku czynności kontrolnych, byle by tylko nastąpiło to przed powołaniem się na fakt dokonania czynności cywilnoprawnej przed organami kontroli, to mielibyśmy do czynienia z nieuprawnioną możliwością legalizowania nieujawnionych źródeł przychodów. W ten sposób żadna czynność kontrolna nie mogłaby skutecznie wykazać, że podatnik posiadał nielegalne źródła przychodu, skoro również po wszczęciu postępowania kontrolnego istniałaby możliwość złożenia deklaracji PCC oraz zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych dotyczących zgromadzonego mienia, bez narażania się na sankcje, jakie przewiduje ustawa podatkowa.

Dlatego też stawka określona w art. 7 ust. 5 pkt 1 PCC ma zastosowanie, gdy należny podatek nie został wpłacony do dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, w trakcie którego podatnik powołuje się na fakt zawarcia umowy pożyczki.

Wyrok NSA z 29 stycznia 2013 r., II FSK 1177/11