Problem, który rozpatrywał NSA, dotyczył nieobowiązującego już dziś rozporządzenia ministra finansów z 28 listopada 2008r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów.

Spółka zajmująca się rozprowadzaniem maszyn, urządzeń i elektronarzędzi zwróciła się do izby skarbowej z pytaniem, czy kopie faktur może przechowywać w formie elektronicznej. Podkreślała, że jej system elektroniczny stale przechowuje kopię faktury, co umożliwia wydrukowanie tej kopii w dowolnym czasie. Natomiast przechowywanie faktur w formie papierowej obciąża spółkę dodatkowymi kosztami i powoduje problemy z magazynowaniem dokumentów.

Spółka zwróciła uwagę na to, że żaden przepis obowiązującego wówczas rozporządzenia ministra finansów z 28 listopada 2008 r. nie określał jednoznacznie, w jakiej formie ma być przechowywana faktura zatrzymana przez sprzedawcę.

Izba skarbowa odmówiła jej możliwości przechowywania faktur wyłącznie w formie elektronicznej (bez ich drukowania). Stwierdziła, że nie jest to dopuszczalne, nawet jeżeli istnieje możliwość ich odtworzenia w postaci wydruku. Izba stwierdziła, że spółka powinna sporządzać kopię wystawianych faktur w formie papierowej oraz przechowywać je w tej postaci.

Spółka zaskarżyła tę interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie(sygn. I Sa/Sz 869/10). Sąd uznał, że art. 21 ust. 2 ówczesnego rozporządzenia nie określał, w jakiej formie mają być przechowywane faktury VAT. Stanowił tylko, że faktura powinna być wystawiona w dwóch egzemplarzach. Nie oznaczało to jednak, że przechowywana faktura ma być identyczna w formie, co faktura przesłana nabywcy. W ocenie sądu literalne odczytanie tego zapisu nie prowadzi do konkluzji, że skoro wystawiona została faktura w formie papierowej, to w tej samej formie musi być też przechowywana jej kopia.

Izba skarbowa nie zgodziła się z wyrokiem WSA i zaskarżyła go do NSA. Ten w wyroku z 20 grudnia 2011 r. (sygn. I FSK 467/11) stwierdził, że nie ma przeciwwskazań do mieszanego wystawiania faktur - wysyłania faktur papierowych, a przechowywania przez spółkę w formie elektronicznej. Przemawiają za tym - jak stwierdził NSA - względy celowościowe, ekologiczne i ekonomiczne.

Dziś przepisy pozwalają na przechowywanie faktur w obu formach, zarówno elektronicznej, jak i papierowej. Ważne jest tylko, by były przechowywane w oryginalnej postaci, w podziale na okresy rozliczeniowe i w sposób pozwalający na ich łatwe odszukanie. Wynika to z par. 23 ust. 2 rozporządzenia MF z 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2005 r. nr 95, poz. 798 ze zm.).