Z kontroli NIK wynika, że urzędy sprawdzały niemal wszystkie deklaracje złożone przez osoby fizyczne w związku ze sprzedażą nieruchomości. W latach 2009-2013 (I półrocze) jedna czwarta takich weryfikacji zakończyła się stwierdzeniem zaniżenia zobowiązań podatkowych. W ten sposób dodatkowo wymierzono 16 mln zł podatku, co stanowiło 67 proc. ustaleń wszystkich urzędów w województwie z tytułu podatku PIT przy sprzedaży nieruchomości.
Wobec osób, które zaniżyły podatek, urzędy podejmowały czynności sprawdzające tuż przed upływem pięcioletniego terminu przedawnienia W konsekwencji podatnicy musieli nieraz płacić dwukrotnie wyższe odsetki, niż gdyby skarbówka podjęła działania we wcześniejszym terminie.
Opierając się na niewłaściwej wykładni przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych urzędy pobierały podatki od zobowiązań przedawnionych oraz niezasadnie kwestionowały prawo podatników do zwolnienia z podatku.
Urzędy skupiały się wyłącznie na przypadkach, gdy analizy wstępne wskazywały na uszczuplenie należności budżetowych. Z reguły nie prowadzono czynności sprawdzających z udziałem podatników, którzy prawdopodobnie zawyżyli zadeklarowany podatek. Gdy dana osoba zapłaciła zbyt wysoki PIT, urząd nie informował podatnika o możliwości odzyskania pieniędzy.
Ponieważ stwierdzone nieprawidłowości mają istotny wpływ na jakość obsługi i prawa podatników, Prezes NIK wystąpił do ministra finansów o sprawdzenie powyższych kwestii w całym kraju. Ponadto NIK wystąpiła do Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy o podjęcie działań mających na celu ujednolicenie procedury przesyłania i analizowania informacji o transakcjach zbycia nieruchomości oraz usprawnienie komunikacji pomiędzy podległymi urzędami skarbowymi.