Pierwotnym zamierzeniem projektu było m.in. odformalizowanie zasad wystawiania tzw. e-faktur poprzez stosowanie pieczęci elektronicznej. Obecnie, zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej (Dz.U. nr 249 poz. 1661), które weszło w życie 1 stycznia 2011 r., obowiązują nowe zliberalizowane zasady wystawiania e-faktur. W rozporządzeniu tym wymienia się wprawdzie bezpieczny podpis elektroniczny weryfikowany za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu oraz system elektronicznej wymiany danych (EDI) jako formy odpowiednie dla e-faktur, ale jednocześnie stwierdza się, że faktury mogą być przesyłane, w tym udostępniane, w formie elektronicznej w dowolnym formacie elektronicznym, pod warunkiem zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury. Oznacza to, że już dziś e-faktury mogą być stosowane w prostszych formach niż bezpieczny podpis czy EDI.
Projekt ustawy o zmianie ustawy o podpisie elektronicznym, ustawy o podatku od towarów i usług, ustawy – Kodeks cywilny oraz ustawy o ewidencji ludności i dowodach osobistych zaproponowany przez grupę posłów PO nie uwzględnia zmian wprowadzonych przez rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, umożliwiających przesyłanie faktur w dowolnym formacie. Zdaniem PKPP Lewiatan projekt przepisów dotyczący podatku od towarów i usług powinien zostać z projektu ustawy wykreślony lub należy w projekcie zaimplementować zasady przesyłania i wystawiania faktur zawarte w powyżej wskazanym rozporządzeniu Ministra Finansów. W przypadku wykreślenia zmian do ustawy o podatku od towarów i usług, Minister Finansów powinien następnie dostosować treść § 2 ust. 2 wspomnianego rozporządzenia. Wymienia się tam przykładowe formy zapewniające autentyczność pochodzenia i integralność treści faktury, wprowadzając do tego przepisu nowe formy podpisy elektronicznego (jak pieczęć elektroniczna itd.), wprowadzone ustawą o zmianie ustawy o podpisie elektronicznym.
Projekt ustawy o zmianie ustawy o podpisie elektronicznym, ustawy o podatku od towarów i usług, ustawy – Kodeks cywilny oraz ustawy o ewidencji ludności i dowodach osobistych zaproponowany przez grupę posłów PO nie uwzględnia zmian wprowadzonych przez rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2010 r. w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, umożliwiających przesyłanie faktur w dowolnym formacie. Zdaniem PKPP Lewiatan projekt przepisów dotyczący podatku od towarów i usług powinien zostać z projektu ustawy wykreślony lub należy w projekcie zaimplementować zasady przesyłania i wystawiania faktur zawarte w powyżej wskazanym rozporządzeniu Ministra Finansów. W przypadku wykreślenia zmian do ustawy o podatku od towarów i usług, Minister Finansów powinien następnie dostosować treść § 2 ust. 2 wspomnianego rozporządzenia. Wymienia się tam przykładowe formy zapewniające autentyczność pochodzenia i integralność treści faktury, wprowadzając do tego przepisu nowe formy podpisy elektronicznego (jak pieczęć elektroniczna itd.), wprowadzone ustawą o zmianie ustawy o podpisie elektronicznym.
