W sytuacji, gdy podatnik zamiast na formularzu, dokona zgłoszenia rejestracyjnego (aktualizacyjnego) w VAT w urzędzie skarbowym, nie jest bez szans. Wskazuje na to orzecznictwo sądowe (na przykład wyrokWojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 16 marca 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 2016/05). W sprawie będącej przedmiotem rozpoznania tego sądu prowadzący działalność gospodarczą podatnik powiadomił urząd skarbowy pismem z dnia 14 czerwca 2004 r. o tym, że zamierza dwa dni później dokonać wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów do kontrahenta z Litwy. W piśmie tym poinformował również o dokonywanych transakcjach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów od kontrahenta z Holandii. Pismo sporządzone na papierze firmowym podatnika i przesłane przez niego do urzędu skarbowego zawierało jego NIP, numery identyfikacyjne kontrahentów na Litwie i w Holandii, podpis podatnika i pieczęć firmową jego firmy. Formalnie podatnik zarejestrował się kilka miesięcy później.
Organy podatkowe uznały, że pismo złożone przez podatnika nie spełnia wymogów formalnej rejestracji. Podatnik złożył więc skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Jego zdaniem nie może być pozbawiony prawa do zastosowania 0-procentowej stawki podatku VAT.
Sąd uznał skargę podatnika za uzasadnioną i uchylił decyzję izby skarbowej w omawianej sprawie. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że obowiązek aktualizacji zgłoszenia rejestracyjnego przed dokonaniem pierwszej wewnątrzwspólnotowej dostawy przez zarejestrowanego podatnika VAT UE do naczelnika urzędu skarbowego wynika z art. 97 ust. 12 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535).
W omawianej sprawie podatnik miał obowiązek złożyć do urzędu skarbowego zawiadomienie o aktualizacji danych z zakresu wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów na określonym urzędowo formularzu. Organy podatkowe dokonują badania formalnej poprawności złożonego zawiadomienia w drodze czynności sprawdzających — podkreślił sąd. I jeśli organ podatkowy stwierdza, że zawiadomienie o aktualizacji danych z zakresu wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów nie zostało wypełnione zgodnie z wymogami formalnymi, powinien zwrócić się do składającego deklarację (zawiadomienie) o złożenie niezbędnych wyjaśnień oraz o jego skorygowanie. Ponadto organ podatkowy powinien podać przyczyny, dla których uznaje zawiadomienie za wypełnione nieprawidłowo. Sąd stwierdził również, że z uwagi na fakt, iż kwestia spełnienia wymogów formalnych zawiadomienia miała wpływ na prawo do zastosowania przez podatnika 0-procentowej stawki VAT, organy podatkowe powinny w omawianej sprawie wezwać podatnika do sprawdzenia prawidłowości złożonego zawiadomienia telefonicznie. Przepisy Ordynacji podatkowej (ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r.; t. jedn. Dz. U. Nr 8, poz. 60) przewidują przy dokonywaniu czynności sprawdzających wzywanie podatnika również telefonicznie lub telegraficznie, gdy wymaga tego ważny interes podatnika lub stan sprawy. W omawianej sprawie takiego telefonicznego wezwania wymagał ważny interes podatnika — podkreślił sąd. Organy podatkowe jednak nie uczyniły tego, czym naruszyły przepisy Ordynacji podatkowej.
Ponadto w ocenie sądu organy podatkowe naruszyły również inne przepisy procedury podatkowej w stopniu, który uzasadnia uchylenie decyzji izby skarbowej w omawianej sprawie. Jeśli bowiem podatnik przesłał do organu podatkowego pismo, które zawierało wszystkie konieczne informacje niezbędne do zawiadomienia organu podatkowego o planowanej pierwszej transakcji wewnątrzwspólnotowej i pismo to nie było złożone na urzędowym formularzu, to organ podatkowy powinien wezwać podatnika do wypełnienia formularza VAT-R/UE, zawierającego wszystkie te informacje, które przedstawił w piśmie przesłanym na druku firmowym — podsumował sąd.
Podsumowując należy podkreślić, że w sytuacji, gdy podatnik nie złożył zgłoszenia rejestracyjnego (aktualizacyjnego) na przewidzianym przepisami prawa wzorze (formularzu), ale powiadomił organ podatkowy przed dokonaniem pierwszej dostawy wewnątrzwspólnotowej i powiadomienie to zawierało wszelkie dane wymagane w formularzu VAT-R/UE, nie może być on pozbawiony prawa do zastosowania 0-procentowej stawki VAT w wewnątrzwspółnotowej dostawie towarów, bez wcześniejszego wezwania go przez organ podatkowy do uzupełnienia braków formalnych dokonanego zgłoszenia.