Zgodnie z art. 239a Ordynacji podatkowej, decyzja nieostateczna, nakładająca na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, nie podlega wykonaniu, chyba że decyzji nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Z kolei przepis art. 76 Ordynacji przewiduje ściśle określony tryb postępowania z nadpłatami, nakładając na organ podatkowy obowiązek zaliczenia w pierwszej kolejności nadpłaty na poczet zaległości podatkowych. Na podstawie tego przepisu organ podatkowy jest zobligowany do zaliczenia z urzędu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych podatnika wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a Ordynacji oraz jego bieżących zobowiązań podatkowych, a dopiero w razie ich braku – zwrotu z urzędu nadpłaty podatnikowi, o ile podatnik nie złoży wniosku o zaliczenie nadpłaty (w całości lub części) na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
Jak zaznaczył minister w orzecznictwie sądowym nie ma jednolitości co do dopuszczalności zaliczenia nadpłaty podatku na poczet zaległości podatkowej wynikającej z decyzji nieostatecznej, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności. Jego zdaniem zasadna jest akceptacja linii orzeczniczej uznającej, że nie należy zaliczać nadpłaty na poczet zaległości podatkowych w przypadku takiej decyzji.
Wstrzymanie wykonania decyzji nie pozbawia jednak strony możliwości dobrowolnego wykonania decyzji lub zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej. Jeżeli intencją strony jest dobrowolna zapłata podatku, to organ podatkowy, mimo wstrzymania wykonania decyzji powinien ją respektować. Nie ma zatem przeszkód do wykonywania decyzji nieostatecznej, o której mowa w art. 239a ustawy, wskutek zaliczenia nadpłaty na wniosek strony lub za jej zgodą.
Przedstawione powyżej zasady mają również zastosowanie do zaliczenia zwrotu podatku (art. 76b § 1 Ordynacji podatkowej).