W związku z powyższym część podatników jest zdania, że sytuacja ta powoduje, że urzędnicy skarbowi mogą swoimi działaniami przyczyniać się do narastania nawet latami odsetek wobec osób i firm, które nie zgadzają się z ustaleniami kontroli i czekają na decyzję, by się od niej odwołać. Sprawa ta stała się także przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 7763), skierowanej do ministra finansów.
W odpowiedzi na interpelację Ministerstwo Finansów podkreśliło, że zgodnie z przepisem art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej w przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez podatnika z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez niego deklaracji lub niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli. Organ podatkowy nie powinien wszczynać postępowania podatkowego po upływie tego terminu. Wyjątki od tej zasady wskazuje przepis art. 165b § 2 i 3 Ordynacji.
Odnosząc się do wskazanych wyżej wątpliwości podatników w kwestii naliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia kontroli podatkowej do dnia doręczenia decyzji w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, jeżeli postępowanie podatkowe nie zostało wszczęte w terminie 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli Ministerstwo Finansów stwierdziło, że organy podatkowe są zobligowane z mocy prawa do przestrzegania zasady praworządności oraz zasady szybkości postępowania. Celowe zwlekanie z wszczęciem postępowania pokontrolnego prowadziłoby do naruszenia tych zasad. Generalnie organy podatkowe wszczynają postępowanie pokontrolne bez zbędnej zwłoki. Nie można jednak wykluczyć sytuacji, w których wszczęcie postępowania nastąpi po upływie 3 miesięcy po zakończeniu kontroli podatkowej. Resort finansów podkreślił, że ustalenia zawarte w protokole kontroli podatkowej nie są jedynym dowodem w sprawie warunkującym wszczęcie postępowania podatkowego. W praktyce organy podatkowe często występują do innych organów podatkowych w związku ze stwierdzonymi w trakcie kontroli nieprawidłowościami (szczególnie w zakresie VAT) o przeprowadzenie czynności sprawdzających u kontrahentów kontrolowanego podatnika w trybie art. 274c Ordynacji podatkowej. Często materiały te są otrzymywane przez organy podatkowe w okresie dłuższym niż 3 miesiące. Dopiero dokumenty zgromadzone w ramach czynności sprawdzających (art. 274c ustawy Ordynacja podatkowa), a także ewentualne materiały otrzymane od organów ścigania lub informacje przekazane przez inne organy podatkowe w połączeniu z ustaleniami dokonanymi w protokole kontroli pozwalają na ustalenie potrzeby wszczęcia postępowania podatkowego. W takim przypadku jednak wszczęcie postępowania podatkowego po upływie 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli nie może być postrzegane jako zamierzone działanie organów podatkowych mające na celu opóźnienie wydania decyzji wymiarowej i w konsekwencji zapłatę przez podatnika odsetek za zwłokę w wyższej kwocie – stwierdził resort finansów.
MF powołało się też na art. 165 § 4 Ordynacji, zgodnie z którym datą wszczęcia postępowania podatkowego z urzędu jest dzień doręczenia stronie postanowienia o wszczęciu postępowania. Uwzględniając możliwość doręczenia postanowienia o wszczęciu postępowania w trybie zastępczym (art. 150 Ordynacji podatkowej), postanowienie to musi być wydawane z około miesięcznym wyprzedzeniem w stosunku do przewidywanej daty jego doręczenia. Oznacza to, że organ podatkowy powinien wydać omawiane postanowienie najpóźniej po upływie 5 miesięcy od zakończenia kontroli.
Kontrolowany podatnik może również skorzystać, z przysługującego mu uprawnienia do korekty deklaracji po zakończonej kontroli podatkowej. Zbyt wczesne wszczęcie postępowania podatkowego pozbawiłoby podatnika tego uprawnienia. Korekta złożona w trakcie postępowania podatkowego nie wywołuje skutków prawnych. Resort finansów stwierdził ponadto, że podatnik, który złożył prawnie skuteczną korektę deklaracji podatkowej wraz z uzasadnieniem przyczyny korekty i w całości niezwłocznie uiścił zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę, nie podlega karze za przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe (art. 16a ustawy z dnia 10 września 1999 r. – Kodeks karny skarbowy). Poza tym jeżeli korekta deklaracji uwzględnia ustalenia kontroli, to wszczynanie postępowania podatkowego stanie się zbędne.
Ministerstwo Finansów dodało, że z uwagi na liczne wątpliwości podatników w prawidłowym rozumieniu znowelizowanych przepisów Ordynacji podatkowej wydało interpretację ogólną dotyczącą stosowania art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej w przypadku gdy kontrola podatkowa została zakończona przed dniem 1 stycznia 2009 r. (interpretacja ogólna ministra finansów z dnia 12 lutego 2009 r., sygn. PK4/8012/18/LJO/09/58).
Reasumując resort finansów jest zdania, że w obecnym stanie prawnym podatnik ma zagwarantowaną dostateczną ochronę przed nieuzasadnioną zwłoką we wszczęciu pokontrolnego postępowania podatkowego, dlatego też nie zachodzi potrzeba „reaktywowania” nieobowiązującego art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej.