Kontrolę jednostek organizacyjnych administracji podatkowej od 30 lipca 2010 r. sprawuje minister finansów. Szczegółowy tryb postępowania w zakresie prawidłowości wykonywania przez nią zadań oraz w zakresie kontroli przestrzegania zasad etyki zawodowej, bezstronności i obiektywizmu określać ma rozporządzenie, którego projekt przedstawił już resort finansów.

Zgodnie z nowelizacją ustawy o urzędach i izbach skarbowych, która weszła w życie 30 lipca 2010 r. likwidacji uległa kontrola resortowa, a kontrolę prawidłowości wykonywania zadań należących do zakresu działania dyrektorów izb skarbowych, naczelników urzędów skarbowych oraz kontrolę urzędów obsługujących te organy sprawuje minister finansów. 11 kwietnia resort finansów zaprezentował projekt rozporządzenia, który określa szczegółowy tryb postępowania w zakresie kontroli, a który zastąpi dotychczasowe przepisy zarządzenia Nr 15 Ministra Finansów z dnia 18 maja 2009 r. w sprawie zasad i trybu prowadzenia kontroli w izbach i urzędach skarbowych (Dz. Urz. MF Nr 6, poz. 36).

Kontrole mają objąć nie tylko prawidłowość wykonywanych zadań należących do zakresu działania dyrektorów izb skarbowych, naczelników urzędów skarbowych oraz urzędów obsługujących te organy, ale także przestrzeganie zasad etyki zawodowej, bezstronności i obiektywizmu działania pracowników izb skarbowych i urzędów skarbowych. Zasadę racjonalnego planowania kontroli połączono z koniecznym zachowaniem przejrzystości i jawności. Kontrole będą prowadzone na podstawie rocznych planów kontroli, które podlegają zatwierdzeniu przez ministra, w terminie do dnia 31 grudnia roku poprzedzającego. Podjęcie kontroli poprzedzać ma zawiadomienie na piśmie jednostki podlegającej kontroli. Kontrole bez uprzedniego zawiadomienia przeprowadzane mają być wyłącznie, w przypadku powzięcia wiadomości o nieprawidłowym wykonywaniu zadań należących do zakresu działania bądź o nieprzestrzeganiu zasad etyki zawodowej, bezstronności i obiektywizmu działania.

Kontrolę przeprowadzana ma być w godzinach pracy obowiązujących w jednostce albo w siedzibie urzędu obsługującego ministra finansów (możliwość taką przeniesiono z przepisów podatkowych, dających możliwość uproszczenia czynności kontrolnych). Kontrolę przeprowadzi zespół kontrolny, na podstawie imiennego upoważnienia ministra finansów. Przewidziano też procedurę umożliwiającą, tak przed rozpoczęciem kontroli, jak i w jej toku, zlecanie przez ministra przeprowadzenia określonych czynności kontrolnych pracownikom odpowiednich komórek organizacyjnych urzędu obsługującego ministra lub pracownikom izb i urzędów skarbowych. Jeżeli jednak wyniki kontroli mogłyby dotyczyć praw lub obowiązków kontrolującego albo praw lub obowiązków jego małżonka albo osoby pozostającej z nim faktycznie we wspólnym pożyciu, krewnych, powinowatych do drugiego stopnia bądź osób związanych z nim z tytułu przysposobienia, opieki lub kurateli bądź też jeżeli zaistniałyby okoliczności mogące wywołać uzasadnione wątpliwości co do jego bezstronności, to kontrolujący podlegać będzie wyłączeniu od czynności kontrolnych.

Kontrolujący dokonają ustaleń stanu faktycznego na podstawie zebranych w toku kontroli dowodów. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości kontrolujący sporządzą protokół kontroli i wystąpienie pokontrolne, a w przypadku, gdy nieprawidłowości nie zostaną stwierdzone lub usunięte przed zakończeniem kontroli kontrolujący sporządzą sprawozdanie. Kontrolowany będzie mógł w terminie 14 dni od dnia otrzymania protokołu kontroli, złożyć zastrzeżenia lub wyjaśnienia do ustaleń zawartych w protokole kontroli, wskazując jednocześnie odpowiednie dowody na ich potwierdzenie. Z kolei projekt wystąpienia pokontrolnego kontrolujący mają sporządzać w terminie 30 dni od dnia podpisania protokołu bez zastrzeżeń albo doręczenia kontrolowanemu pisemnej informacji o uznaniu albo nieuznaniu zgłoszonych przez niego do ustaleń zawartych w protokole kontroli zastrzeżeń lub wyjaśnień. Informacje o sposobie realizacji zaleceń zawartych w wystąpieniu pokontrolnym, kierownik kontrolowanej jednostki przekaże ministrowi w terminie 14 dni od dnia otrzymania wystąpienia.

Projekt rozporządzenia zakłada, że plan kontroli do przeprowadzenia w 2011 r. zostanie zatwierdzony w terminie do dnia 30 czerwca 2011 roku.

Michał Malinowski