Wydanie a więc sporządzenie i podpisanie ogranicza się wyłącznie do czynności polegającej na zredagowaniu na piśmie treści interpretacji w odpowiedniej formie (zależącej od tego jaki jest stosunek organu do złożonego wniosku) opatrzeniu jej nagłówkami i podpisaniu jej. Według nowej wykładni dokonanej przez NSA w wyżej wymienionej uchwale wydanie nie obejmuje już doręczenia zainteresowanemu tekstu interpretacji przed upływem terminu trzech miesięcy od dnia otrzymania przez organ interpretacyjny wniosku.

Jeżeli interpretacja nie zostanie wydana przez organ w ustawowym terminie 3 miesięcy od dnia otrzymania wniosku wtedy mamy do czynienia z „milczącą” interpretacją, która jest dla organu interpretacyjnego swoistą sankcją za to, że nie ustosunkował się do wniosku zainteresowanego w przewidzianym do tego czasie uznaje stanowisko zainteresowanego w całości za prawidłowe i nie może już wydać nowej interpretacji w tej samej sprawie bo z mocy prawa doszło do konwersji wniosku zainteresowanego na interpretację indywidualną. Na uwadze należy mieć także wyrok WSA z dnia 27.1.2009 r., sygn. I SA/Po 1520/08, LEX, gdzie sąd uznał między innymi, że w sytuacji, kiedy doszło do przekroczenia ustawowego terminu na wydanie indywidualnej interpretacji bezzasadne jest wydawanie w sprawie interpretacji, która z mocy przepisu prawa istnieje w obrocie prawnym i ma moc interpretacji wiążącej dla organu podatkowego. Z uwagi na wejście do obrotu prawnego „milczącej” interpretacji brak jest podstaw prawnych do wydania przez organ interpretacji.

Zgodnie z wyrokiem WSA w Warszawie z dnia 26.1.2009 r., sygn. III SA/Wa 988/08, LEX, niedopuszczalne jest wydanie postanowienia w sprawie interpretacji, która z mocy przepisu prawa ukonstytuowała się jako wiążący organ pogląd podatnika (wnioskodawcy). W takim stanie rzeczy wniosek podatnika stał się interpretacją (podatnik jest więc jej autorem - przeciwnie stanowisko wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z dnia 22.1.2009 r., sygn. I SA/Wr 1228/08, LEX, w którym sąd stwierdza, że rzeczywistym autorem interpretacji nie jest organ podatkowy, lecz samo prawo, które ją kreuje) ze wszystkimi przysługującymi jej konsekwencjami prawnymi.

W innym wyroku z dnia 19.3.2009 r., sygn. I FSK 2099/08, LEX, NSA uznał jednak, że ze względu na konieczność wyrównania skutków, organ podatkowy, który uchybił terminowi powinien, mimo istnienia w obrocie prawnym interpretacji „milczącej”, zakończyć postępowanie interpretacyjne postanowieniem, zgodnym ze stanowiskiem wnioskodawcy. Jest to domniemanie prawne (w sposób dorozumiany wniosek traktuje się jako pełnoprawną interpretację). Warto dodać także, że taka „ milcząca” interpretacja jest dla organu bezwzględnie wiążąca. Takie stanowisko wyraził między innymi Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 26.1.2009 r., sygn. III SA/Wa 2534/08, LEX.

Regulacja „milczącej” interpretacji została wprowadzona do obrotu prawnego w celu ochrony adresata interpretacji przed bezczynnością organu, która to bezprawność mogłaby spowodować niekorzystne dla zainteresowanego konsekwencje.
Jedyną możliwością dokonania korekty tego rodzaju indywidualnej interpretacji jest procedura przewidziana w art. 14 e§ 1 O. p., o czym będzie mowa w dalszej części pracy.