Na mocy umowy ze starostwem naliczaliśmy opłatę za administrowanie. Po zmianie przepisów, gdzie starostwo jest podatnikiem VAT, do ustalonej opłaty doliczyliśmy VAT. Starostwo to zakwestionowało.
Czy miało rację?

O ile rozumiem sytuację przez Państwa opisaną, to prawidłowo nie zastosowano zwolnienia podatkowego dla usług świadczonych przez Państwa na rzecz powiatu.
Nie opisujecie Państwo tej sytuacji zbyt dokładnie, ale domyślam się o co (zapewne) chodzi.

Zacząć należy od tego, że w praktyce dotychczas sporne było to, czy w zakresie obrotu VAT - zarówno jak chodzi o czynności wykonywane, jak i czynności nabywane - podatnikiem VAT jest sama jednostka samorządu terytorialnego (gmina, powiat), czy też takimi jednostkami są urzędy obsługujące te jednostki (urząd gminy, czy miasta, względnie starostwo powiatowe).

Z przepisów - zarówno dotyczących podatku od towarów i usług, jak i przepisów ustaw o samorządzie terytorialnym - wynika, że to właśnie sama jednostka samorządowa (jako podmiot mający osobowość prawną i wykonujący określone czynności we własnym imieniu) powinna być podatnikiem. Tak jednolicie przyjmuje się, że w orzecznictwie sądowym. Przykładowo WSA we Wrocławiu w wyroku z dnia 22 marca 2007 r., I SA/Wr 852/06, stwierdził: "Gmina jako jednostka wyposażona w osobowość prawną i wykonująca samodzielnie działalność gospodarczą posiada status podatnika podatku od towarów i usług, obowiązanego do posiadania numeru identyfikacyjnego oraz składania deklaracji podatkowych. W zakresie, w jakim gmina pozostaje podatnikiem podatku od towarów i usług, podatnikiem tym nie może być urząd gminy jako jednostka powołana do obsługi organu gminy". Podobnie WSA w Łodzi w wyroku z dnia 20 maja 2008 r., I SA/Łd 247/0: "W orzecznictwie oraz doktrynie dominuje pogląd, iż stosownie do treści art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym (Dz. U. z 2001 r. Nr 142, poz. 1591, z późn. zm.) w związku z art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.)- dalej u.p.t.u., gmina jako osoba prawna wykonująca zadania publiczne w imieniu własnym i na własną odpowiedzialność czynności określone w art. 5 ust. 1 u.p.t.u. jest podatnikiem podatku VAT".

Powyższe oznacza, że to właśnie powiat (a nie starostwo powiatowe jako urząd obsługujący starostę, będącego organem wykonawczym powiatu) powinien występować jako podatnik VAT, zarówno jako sprzedawca, jak i jako nabywca świadczonych usług.

Zgodnie z przepisami § 13 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1336), od podatku wolne są usługi świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi, z wyjątkiem usług:

• w zakresie rozprowadzania wody,

• w zakresie gospodarki ściekami oraz wywozu i unieszkodliwiania odpadów,

• sanitarnych i pokrewnych,

• komunikacji miejskiej.

Od podatku zwolnione są zatem określone usługi świadczone pomiędzy gospodarstwami pomocniczymi jednostek budżetowych, jednostkami budżetowymi i zakładami budżetowymi.

Dla zastosowania zwolnienia po jednej i po drugiej stronie transakcji występować musi jedna z jednostek wyżej wskazanych. Zwolnienie nie przysługuje jeśli po jednej ze strony występuje sama jednostka samorządu terytorialnego (np. powiat), względnie spółka komunalna. Jeśli zatem nabywcą usługi jest sam powiat, to wówczas zwolnienia dla świadczonych usług zastosować nie można, choćby nawet usługi świadczyła jednostka budżetowa (zakład budżetowy).

Ponadto - jak przyjmuje się, że orzecznictwie, nawet jeśli nabywcą usług formalnie jest urząd gminy (odpowiednio: starostwo powiatowe), to wówczas rzeczywistym nabywcą pozostaje gmina, czy też powiat (bowiem same urzędy, starostwa na gruncie VAT podmiotowości nie mają), a wtedy zwolnienia zastosować nie można.

"W sytuacji, gdy zakład budżetowy świadczy usługi polegające na bieżącym utrzymaniu obiektów, zimowym utrzymaniu dróg gminnych, koszeniu traw, remoncie nawierzchni dróg oraz remontach i konserwacjach na rzecz jednostek budżetowych, takich jak szkoły podstawowe czy gimnazja, to usługi te są zwolnione z opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Natomiast gdy świadczy ww. usługi na rzecz gminy i Gminnego Centrum Kultury, to usługi te nie są zwolnione od opodatkowania podatkiem od towarów i usług" (wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 27 stycznia 2009 r., I SA/Rz 720/08).