Kwestia ta była przedmiotem wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 4 listopada 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 852/09. W sprawie, która stała się przedmiotem rozpoznania sądu podatniczka zwróciła się z wnioskiem o wydanie wiążącej interpretacji podatkowej. We wniosku podała, że prowadziła działalność gospodarczą i od 1 stycznia 2005 r. dokonywała czynności opodatkowanych, składała deklaracje podatkowe VAT-7, wpłacała należy podatek VAT oraz wykazywała podatek naliczony do odliczenia. W listopadzie 2006 r. prezydent miasta wykreślił podatniczkę z ewidencji działalności gospodarczej. Ostatnią deklarację VAT-7, za listopad 2006 r. podatniczka złożyła 15 grudnia 2006 r., wykazując w poz. 59 kwotę do przeniesienia na następny miesiąc - 14.513 zł. W ostatniej deklaracji za listopad, choć powinna wykazać kwotę do zwrotu, wykazała VAT do przeniesienia na następny miesiąc, mimo zakończenia działalności gospodarczej.
Podatniczka zwróciła się z pytaniem, czy obecnie, po wyrejestrowaniu działalności gospodarczej w 2006 r., ma możliwość skorygowania deklaracji VAT-7 za okres od 1 stycznia 2005r. do 14 listopada 2006r. Chciała również wiedzieć, czy brak zgłoszenia rejestracyjnego do celów VAT powoduje całkowite pozbawienie podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego z zakupów sprzed rejestracji, jeśli nie to, w jaki sposób po dokonaniu rejestracji jako czynnego podatnika VAT można skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur otrzymanych przed dniem rejestracji.

W ocenie podatniczki, zgodnie z art. 81 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U. z 2005r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm., dalej: OP) mimo zakończenia działalności gospodarczej przysługuje jej prawo złożenia korekty deklaracji VAT-7 za okres, w którym prowadziła działalność gospodarczą. Przy składaniu korekty deklaracji, należy podmiotowi przypisać taki status, jaki miał w okresie, którego dotyczy korekta deklaracji. Podmiot nie będący już podatnikiem może i musi składać korekty deklaracji. Możliwość korekty deklaracji podatkowej, w której uzewnętrznia się samoobliczenie podatku, to nie tylko przywilej podatnika, ale także jego obowiązek. Podatniczka powołała się również na orzecznictwo sądów administracyjnych, zgodnie z którymi przepisy ustawy o VAT, które odbierają podatnikom możliwość odzyskania nadwyżki VAT po zakończeniu działalności są niezgodne z prawem wspólnotowym (np. wyrok WSA we Wrocławiu z 30 listopada 2007r., sygn. akt I SA/Wr 939/07).

Zdaniem podatnika, brak zgłoszenia rejestracyjnego do celów VAT nie pozbawia możliwości odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupu przed dniem rejestracji. Co prawda nie jest możliwe korzystanie z prawa do odliczenia przez podatników niezarejestrowanych jako podatnicy VAT czynni (art. 88 ust. 4 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r., Nr 54, poz. 535 z późn. zm., dalej: ustawa o VAT), lecz nie ma przeszkód, aby podatnicy tacy mogli skorzystać z tego prawa po dokonaniu rejestracji (nawet jeśli nastąpi to wiele miesięcy po dokonaniu zakupów).

Minister finansów uznał stanowisko podatniczki za nieprawidłowe. W uzasadnieniu decyzji podał, że podmiot musi posiadać status podatnika VAT, aby mieć prawo do składania korekt deklaracji VAT-7. Z treści wniosku wynika, że strona nie jest podatnikiem VAT, a 14 listopada 2006r. jej działalność gospodarczą wykreślono z ewidencji. W związku z tym nie ma prawa do korygowania deklaracji podatkowych VAT-7, występując jako osoba nie mająca statusu podatnika.
W odniesieniu do drugiego z zagadnień minister finansów stwierdził, że podatnik ma prawo do skorzystania z obniżenia podatku należnego o podatek naliczony pod warunkiem spełnienia określonych warunków pozytywnych (związku nabytych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi), jak i negatywnych, określonych w art. 88 ustawy o VAT. Art. 88 ust. 4 ustawy o VAT nie wskazuje, aby do nabycia prawa do odliczenia podatku naliczonego konieczne było posiadanie statusu podatnika zarejestrowanego w momencie otrzymania faktur zakupu, ale status ten konieczny jest w momencie dokonywania odliczenia - realizacji prawa. Prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego przy zakupach towarów i usług wykorzystywanych do wykonywanej działalności kształtuje się w danym okresie rozliczeniowym (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT) oraz powstaje, o ile wykaże on, że zakupy były związane z bieżącą lub przyszłą działalnością opodatkowaną, a warunek rejestracji jest niezbędny do skorzystania przez podatnika z prawa do obniżenia podatku należnego. Zgodnie natomiast z art. 86 ust. 11 ustawy o VAT, jeśli podatnik nie dokona obniżenia podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za następny okres rozliczeniowy. Jak wskazał minister finansów należy rozróżnić moment powstania prawa do odliczenia od momentu skorzystania z tego prawa.
Jego realizacja następuje przez złożenie deklaracji podatkowej, wyrażającej wolę skorzystania przez podatnika z prawa do odliczenia i aby skutecznie zrealizować już powstałe uprawnienie, podatnik musi usunąć - najpóźniej przed skorzystaniem z tego prawa - wszelkie przesłanki negatywne, w tym brak rejestracji, który umożliwia identyfikowanie go jako podatnika.

Skoro podmiot zarejestrował się jako podatnik VAT czynny, przez złożenie 31 maja 2006r. zgłoszenia rejestracyjnego na formularzu VAT-R, uzyskała status „czynnego" podatnika VAT, więc ma prawo do odliczenia podatku VAT po złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R, przy uwzględnieniu warunków art. 86 ust. 10 pkt 1 raz art. 86 ust. 11 ustawy o VAT. Nie jest zatem prawidłowe stanowisko podatnika, że ma prawo do „odliczenia wiele miesięcy po dokonaniu zakupów".
Podatniczka wezwała ministra finansów do zmiany wydanej interpretacji, minister finansów odmówił. Sprawa na skutek skargi podatnika trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. W skardze spółka podkreśliła argumenty podawane w toku postępowania podatkowego o wydanie interpretacji.
Sąd uznał skargę za słuszną i uchylił wydaną interpretację. W uzasadnieniu wyroku sąd podkreślił, że nie można uznać za słuszny pogląd ministra finansów co do braku możliwości dokonania korekty deklaracji podatkowej VAT-7, przez podmiot, którego działalność gospodarcza została wyrejestrowana, w związku z czym występuje jako osoba nie mająca statusu podatnika.
Sąd wskazał, że rację ma podatnik, że przy składaniu korekty deklaracji podatkowej VAT-7, w rozumieniu art. 81 § 1 O.p., w której uzewnętrznia się samoobliczenie podatku, należy podmiotowi, który ją składa przypisać taki status, jaki miał on w okresie, którego dotyczy korekta deklaracji. Skoro organ podatkowy ma możliwość wszczęcia wobec podmiotu - osoby fizycznej, nie będącej już podatnikiem VAT kontrolę podatkową i postępowanie podatkowe, w wyniku czego może skutecznie, przed upływem terminu przedawnienia, doprowadzić do określenia wysokości podatku VAT w prawidłowej wysokości, a tym samym żądać od podatnika prawidłowego wykonania obowiązku podatkowe, to tym samym również podmiot - osoba fizyczna, nie będąca już podatnikiem VAT może złożyć korektę deklaracji podatkowej VAT-7, na mocy art. 81 § 1 O.p.

Sąd podkreślił, że skoro uzasadnieniem do pozbawienia prawa do złożenia korekty, a tym samym uniemożliwienie podmiotowi będący stroną w chwili składania pierwotnych deklaracji, doprowadzenia do prawidłowego rozliczenia podatku, jest wykreślenie z rejestru podatników czynnych VAT, jest to równie dobry argument u podatnika, aby nie płacić podatku (będącego również efektem rozliczenia podatku za dany miesiąc). Swoje postępowanie podmiot mógłby tłumaczyć stanowiskiem, że nie jest już stroną postępowania podatkowego, gdyż wykreślił się z rejestru podatników czynnych VAT, a zatem brak podstaw do dochodzenia wobec niego roszczeń przez organy podatkowe.
W ocenie sądu Minister Finansów nie ustosunkował się do argumentacji podatniczki, zawartej we wniosku o interpretację o możliwości składania korekt deklaracji w powiązaniu z instytucją nadpłaty, jak również do jej stanowiska mającego oparcie w ustawie o podatku VAT, z której wynika, że obniżenie podatku należnego następuje w rozliczeniu za miesiąc, w którym podatnik otrzymał fakturę, dokument odprawy celnej, albo w miesiącu następnym.
Sąd uznał ponadto za nieprawidłowe stanowisko ministra finansów odnośnie drugiego zagadnienia, czyli możliwości i sposobu odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupu przed dniem rejestracji u podatnika już wyrejestrowanego. W ocenie sądu skoro na podatniku spoczywa obowiązek rozliczenia podatku w deklaracji podatkowej VAT, to ma on możliwość zarówno dokonania korekty deklaracji podatkowej, jak również dokonania odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupu wystawionych przed dniem rejestracji, także, gdy nie prowadzi już faktycznie działalności gospodarczej, z którą wiązała się zapłata podatku. Sąd stwierdził, że z orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości wynika, że status podatnika VAT jest niezależny od formalnej rejestracji. Sąd zaakcentował, że minister finansów rozpoznając sprawę ponownie będzie zobowiązany uwzględnić również orzecznictwo ETS w omawianej kwestii.

Z wniosku o interpretację wynika, że podatniczka, choć nie złożyła formalnego wniosku o rejestrację VAT-7 prowadziła działalność gospodarczą oraz odprowadzała należny podatek VAT począwszy od 1 stycznia 2005r. Wniosek VAT-R złożono 31 maja 2006r., w związku z inicjatywą organu podatkowego, a działalność gospodarczą wyrejestrowano 14 listopada 2006r. Podatniczka przed zarejestrowaniem działalności gospodarczej uznała zatem, że jest podatnikiem VAT w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, i takim podatnikiem była w skutek wykonywania czynności określonych w art. 4 ust. 2 VI Dyrektywy, choć formalnie nie dopełniła wymogu rejestracji.
Sąd poparł również zarzut podatnika, że akceptacja poglądu, że brak rejestracji jako podatnika podatku VAT czynnego w okresie rozliczeniowym, w którym powstało prawo do obniżenia podatku należnego nie pozbawia podatnika możliwości skorzystanie z prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, wynikający z faktur dokumentujących czynności opodatkowane, stanowiłaby zaprzeczenie określonej w art. 4 VI Dyrektywy, zasady neutralności VAT.

Resumując stwierdzić należy, że osoba, która nie jest już przedsiębiorcą, ma prawo skorygować deklaracje za okres, kiedy prowadziła firmę.