Sprawa ta stała się również przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 5837). W odpowiedzi na nią Ministerstwo Finansów powołało się na ustawę z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz.U. nr 217, poz. 1590), która weszła w życie z dniem 1 lipca 2007 r. Art. 4 wskazanej wyżej ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. zawiera przepisy przejściowe, które regulują tryb załatwiania wniosków o interpretację złożonych przed wejściem w życie znowelizowanych przepisów oraz zasady weryfikacji (uchylania i zmiany) wydanych przed dniem 1 lipca 2007 r. interpretacji podatkowych.
Przepis art. 4 ust. 1 powołanej wyżej nowelizacji ustawy – Ordynacja podatkowa stanowi, że: ˝Wnioski o wydanie pisemnych interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego w indywidualnych sprawach, wniesione przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy, podlegają rozpatrzeniu na podstawie przepisów ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy˝.

Z treści tego przepisu wynika, że wnioski złożone przed dniem wejścia w życie powołanej ustawy (przed dniem 1 lipca 2007 r.) i niezałatwione przed tym dniem podlegają rozpatrzeniu na podstawie przepisów w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 lipca 2007 r. Przepis art. 14a ustawy Ordynacja podatkowa (w brzmieniu obowiązującym przed dniem 1 lipca 2007 r.) wskazuje jako organy właściwe do wydawania interpretacji m. in. naczelnika urzędu skarbowego i naczelnika urzędu celnego. Tym samym sprawy wydawania interpretacji prawa podatkowego, będące w toku na dzień 1 lipca 2007 r., są załatwiane nadal na podstawie przepisów obowiązujących do dnia 1 lipca 2007 r. i przez organy dotychczas właściwe w świetle tych przepisów, tj. naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celnych. Ponadto w celu maksymalnej ochrony praw nabytych skutki prawne związane z wydaniem pisemnych interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego w indywidualnych sprawach są oceniane wedle tych przepisów, które miały zastosowanie do wydania tych interpretacji – stwierdził resort finansów .

Przepis art. 4 ust. 2 powołanej powyżej ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw stanowi, że: ˝W sprawach zmiany lub uchylenia pisemnych interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego w indywidualnych sprawach wydanych przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy stosuje się przepisy ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy, z tym że wygasają one z mocy prawa w razie zmiany przepisów, które były przedmiotem interpretacji˝.

W stanie prawnym obowiązującym do dnia 1 lipca 2007 r. przepis art. 14b § 5 pkt 2 ustawy - Ordynacja podatkowa zobowiązywał właściwy organ odwoławczy do wydania decyzji w przedmiocie uchylenia postanowienia zawierającego interpretację prawa podatkowego, w razie zmiany stanu prawnego obejmującego przepisy będące przedmiotem uprzednio wydanej interpretacji. Ratio legis tej regulacji sprowadza się do argumentacji, że interpretacja wydana w ˝starym˝ stanie prawnym nie może być wiążąca dla oceny sytuacji, które zaistnieją w ˝nowym˝ zmienionym stanie prawnym. Zatem wydana na wniosek zainteresowanego interpretacja dotycząca zmienionego później stanu prawnego (zmienionych przepisów prawa podatkowego) dla podatnika traci jakąkolwiek wartość ˝na przyszłość˝, ma ona walor niejako jedynie historyczny, dotyczący zdarzeń czy czynności, które miały miejsce, wywarły skutek pod rządami zmienionych przepisów. Interpretacja przepisów prawa podatkowego ˝żyje˝ zatem razem z przepisami, które wyjaśnia. Z momentem utraty ich mocy bądź ich zmiany przestaje ona wywoływać skutki na przyszłość. Wywołuje ona skutki dla podatnika jedynie w odniesieniu do okresu, kiedy obowiązywały interpretowane przepisy. Otrzymanie decyzji o uchyleniu postanowienia zawierającego interpretację stanowi więc w istocie dla podatnika informację o zmianie przepisów będących przedmiotem wcześniejszego zapytania (wniosku o interpretację), gdyż zmiana przepisów prawa podatkowego sama przez się czyni nieaktualną wydaną w odniesieniu do nich interpretację. Oczywiste jest, że taka interpretacja będzie chronić podatnika przez cały okres obowiązywania interpretowanych przepisów do czasu ich zmiany. Oczywiste jest też, taka interpretacja nie może gwarantować podatnikowi ochrony w sytuacji regulowanej już zmienionymi przepisami, skoro staje się z chwilą ich zmiany nieaktualna. Stąd też wprowadzenie przepisu przejściowego - art. 4 ust. 2 w ustawie z dnia 16 listopada 2006 r. pozostaje neutralne dla sytuacji prawnej podatnika w zakresie zasady nieszkodzenia w odniesieniu do interpretacji wydanych przed dniem 1 lipca 2007 – stwierdził resort finansów.

Zdaniem Ministerstwa Finansów, warto dodać, że interpretacja wygaśnie z mocy prawa tylko w wyniku takiej zmiany przepisów, która spowoduje dezaktualizację oceny prawnej stanowiska pytającego zawartej w wydanej interpretacji. Stąd też zmiana treści przepisu polegająca np. na zmianie numeracji czy innym unormowaniu kwestii zawartych w przepisie, które nie były jednak przedmiotem interpretacji, nie doprowadzi do wygaśnięcia z urzędu interpretacji.

Interpretacje przepisów prawa podatkowego nie są źródłem prawa. Wiedzę o zmianie przepisu prawa, dacie wejścia w życie zmienionego przepisu, przepisach przejściowych i vacatio legis każdy (również organ podatkowy) czerpie z tego samego źródła - Dziennika Ustaw. Inna interpretacja naruszałaby konstytucyjną zasadę źródeł prawa i wyłączności ustawy dla stanowienia o obowiązkach podatkowych – stwierdził resort finansów.

Mając powyższe na uwadze Ministerstwo Finansów nie uważa za słuszne dokonywanie zmiany art. 4 ust. 2 ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (w zakresie wygaszania interpretacji po zmianie prawa) i przywrócenia obowiązku formalnego uchylania przez organ odwoławczy w drodze decyzji postanowień zawierających taką interpretację w razie zmiany przepisów, które były przedmiotem interpretacji. Rozwiązanie takie jest zbyt kosztowne – twierdzi resort finansów i dodaje, że koszty wydania tych decyzji obciążają budżet państwa, a więc wszystkich podatników. Właściwe jest, aby koszty dokonywania czynności urzędowych (na wniosek) obciążały przede wszystkim podmiot, który o podjęcie tych czynności wnioskuje, a nie pośrednio innych podatników.

Reasumując Ministerstwo Finansów stwierdziło, że rozwiązania zawarte w art. 4 ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw znoszą zbędną biurokrację i zmniejszają koszty funkcjonowania administracji podatkowej, zapewniając jednocześnie ochronę praw nabytych przed skutkami prawnymi związanymi z wydaniem pisemnych interpretacji.