Krajowy System e-Faktur (KSeF) jest wdrażany etapami. Pierwsze obowiązki w tym zakresie weszły w życie 1 lutego br. Od tego momentu wystawianie e-faktur w systemie objęło dużych podatników, a więc tych, u których wartość sprzedaży za 2024 r. przekroczyła 200 mln zł wraz z podatkiem. Drugi etap wdrożenia przewidziano na 1 kwietnia br. – wówczas obowiązkiem zostaną objęci pozostali przedsiębiorcy, z wyjątkiem najmniejszych podatników „wykluczonych cyfrowo”, których transakcje obejmują niewielkie kwoty (do 450 zł dla pojedynczej faktury i do łącznej wartości sprzedaży do 10 tys. zł miesięcznie). Te podmioty wejdą do systemu dopiero od 1 stycznia 2027 r.
Czytaj też w LEX: KSeF - pierwszy etap trwa >
Ministerstwo Finansów podkreśla przy tym, że do końca 2026 r. nie będzie nakładało na podatników kar związanych za ewentualne błędy w fakturowaniu w systemie – tak, aby przedsiębiorcy zdążyli się do niego przyzwyczaić. Kwietniowy etap wdrożenia KSeF jest jednak istotny również dla ochrony zdrowia.
Czytaj też w LEX: Tryby wystawiania faktur po wejściu w życie KSeF >
Konieczna weryfikacja postanowień kontraktów lekarskich
Dr hab. n. praw. Radosław Tymiński, adwokat, prowadzący blog prawalekarzy.pl, wyjaśnia, że w praktyce od 1 kwietnia br. KSeF stanie się obowiązkowy dla większości praktyk lekarskich placówek Podstawowej Opieki Zdrowotnej, spółek prowadzących podmioty lecznicze i Samodzielnych Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej, chyba że nie spełnią jeszcze kryterium dochodowego. Jak zaznacza prawnik, wiąże się to z kilkoma podstawowymi konsekwencjami.
Po pierwsze, wszystkie faktury kosztowe, np. na oprogramowanie do dokumentacji medycznej, zakup sprzętu, zakup wyrobów medycznych, paliwo, media, telefon, będą odbierane przez KSeF. Oznacza to, że nie będzie już faktur wysyłanych w pdf lub innej formie, faktury będą do odbioru wyłącznie przez KSeF. Po drugie, świadczenia zdrowotne udzielane osobom fizycznym odpłatnie będą nadal „na paragon”, jednakże usługi na rzecz innych podmiotów gospodarczych, które podlegają fakturowaniu (np. umowa pomiędzy podmiotem X a podmiotem Y o wykonywanie badań RTG pacjentom podmiotu X przez podmiot Y) będą wystawiane i odbierane przez KSeF – wyjaśnia mec. Tymiński.
Wreszcie ci lekarze, którzy prowadzą własną działalność gospodarczą, nawet jeżeli są zwolnieni z VAT, muszą wystawiać faktury dla podmiotów leczniczych, w których udzielają świadczeń zdrowotnych poprzez KSeF. - Wynika to z tego, że zwolnienie z VAT dotyczy zwolnienia od naliczania VAT, a nie obejmuje zwolnienia z obowiązku wystawiana faktury – zaznacza prawnik.
Mec. Tymiński zwraca więc uwagę, że w praktyce oznacza to, iż w umowach cywilnoprawnych praktyka lekarska – podmiot leczniczy (B2B, czyli tzw. „kontrakty”) musi dojść do aktualizacji postanowienia o trybie rozliczeń, ponieważ dotychczas najczęściej rozliczenia funkcjonowały w oparciu o samofakturowanie usług przez podmiot leczniczy albo wystawienie faktur i dostarczenie przez lekarza do podmiotu leczniczego. Od 1 kwietnia musi to ulec zmianie, a wystawienie oraz dostarczenie faktury będzie odbywać się poprzez KSeF.
Czytaj również: KSeF w biurach rachunkowych. Warto zadbać o nowe umowy i ubezpieczenie
Zbigniew Stawicki: Dzięki KSeF będzie mniej kontroli i mniej sankcji
Podmioty lecznicze mają specyficzne problemy
Na to, że podmiotom medycznym, a także dostawcom oprogramowania w kontekście fakturowania w KseF potrzebne jest też wsparcie Narodowego Funduszu Zdrowia, zwróciła z kolei uwagę Polska Izba Informatyki Medycznej (PIIM). W piśmie przedstawionym Funduszowi podkreślono, że konieczne jest zapewnienie pełnej, kompleksowej i aktualnej dokumentacji wszystkich reguł walidacyjnych stosowanych przez NFZ w procesie rozliczania świadczeń oraz obsługi faktur w ramach KSeF. - Kluczowym problemem, z którym mierzy się obecnie branża oraz świadczeniodawcy, jest brak jednolitej i kompletnej dokumentacji obejmującej pełny zestaw reguł kontrolnych obowiązujących w środowisku produkcyjnym. Udostępnione materiały nie odzwierciedlają w sposób wyczerpujący rzeczywistych mechanizmów walidacyjnych, co uniemożliwia producentom oprogramowania przygotowanie oraz rzetelne przetestowanie rozwiązań przed ich wdrożeniem. Udostępnione materiały nie odzwierciedlają w sposób wyczerpujący rzeczywistych mechanizmów walidacyjnych, które zostały udostępnione na środowisku produkcyjnym dzień przed terminem obowiązku wysyłania faktur do KSeF. Również brak środowiska testowego uniemożliwia producentom oprogramowania przygotowanie oraz rzetelne przetestowanie rozwiązań przed ich wdrożeniem – oceniono w piśmie.
Czytaj też w LEX: KSeF – zasady wystawiania faktur w relacji z podmiotami zagranicznymi >
Jak podkreśla PIIM, objawia się to w szczególności błędami dotyczącymi dat wystawionych faktur korygujących w KSeF, wymagalności pól, których KSeF nie wymaga, a NFZ traktuje jako obligatoryjne. Problematyczne są również kwestie związane z wyliczaniem wartości brutto podsumowania względem sumy wartości brutto poszczególnych pozycji czyli tzw. problem "1-go grosza" wynikający z zaokrągleń i różnic w ilości wartości po przecinku w KSeF i NFZ.
Czytaj też w LEX: Faktura korygująca w KSeF z uwzględnieniem trybów awaryjnych >
Jakub Szulc, zastępca prezesa NFZ, w odpowiedzi na stanowisko izby wyjaśnia, że na stronie internetowej Funduszu na bieżąco publikowane są wytyczne dotyczące KSeF. NFZ udziela też odpowiedzi na pytania i wątpliwości - zarówno merytoryczne, jak i techniczne - które wpływają od świadczeniodawców i dostawców oprogramowania. Istnieje również możliwość testowania wdrażanych rozwiązań.
- Przypominam, że wymagania dotyczące faktury wystawionej w KSeF za świadczenia były publikowane do konsultacji we wrześniu 2025 r. Udostępnione zostały także środowiska testowe, które umożliwiały weryfikację rozwiązań przygotowanych przez dostawców oprogramowania dla świadczeniodawców. W okresie przedwdrożeniowym nie było uwag do udostępnionych przez NFZ wymagań – podkreśla Jakub Szulc.
Zobacz też szkolenie online w LEX: KSeF - modele współpracy klienta z biurem rachunkowym >
