Rząd uważa, iż powinny też zniknąć ulgi w podatkach dochodowych dla NFI. W ocenie Rządu może to przynieść rocznie około 4,1 mln zł wypływów w sektorze finansów publicznych, z tego 3,2 mln zł powinno trafić do budżetu państwa, a 0,9 mln zł do jednostek samorządu terytorialnego. Ustawa o NFI ma przestać obowiązywać od 1 stycznia 2013 r.

Zdaniem Prezesa Rady Ministrów zmiana ta jest konieczna, ponieważ Program Powszechnej Prywatyzacji został zakończony. Poza tym, zwolnienia podatkowe przyznane NFI (od momentu ich ustanowienia) straciły swoje uzasadnienie. Dzięki ulgom w podatkach Narodowe Fundusze Inwestycyjne są obecnie w uprzywilejowanej sytuacji w stosunku do innych spółek akcyjnych, co jest niezgodne z zasadą równego traktowania przedsiębiorców.