Sprawa Tomasza F. jest jedną z kilkudziesięciu, w której NSA zmienia wyroki I instancji, powołując się na konstytucyjne prawo obywateli do wyboru wyznania.

Odmowa proboszcza
 Tomasz F. skierował do proboszcza Parafii Rzymskokatolickiej pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy w Z. pismo zawierające oświadczenie o wystąpieniu z Kościoła Katolickiego.  Złożył też wniosek o uaktualnienie jego danych osobowych w księdze chrztu poprzez naniesienie adnotacji o wystąpieniu oraz przesłanie odpisu aktu chrztu z powyższym sprostowaniem. W odpowiedzi na to pismo proboszcz parafii poinformował, iż jest ochrzczony, ale nie jest już parafianinem tej parafii i dlatego powinien się udać do proboszcza parafii, na terenie której mieszka. Przesłał również instrukcję dla właściwej procedury formalnego wystąpienia z Kościoła. Wobec tego zainteresowany wystąpił do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych (dalej jako GIODO) o wydanie decyzji administracyjnej zobowiązującej proboszcza Parafii Rzymskokatolickiej do sprostowania jego nieaktualnych danych osobowych (na podstawie art. 32 ust. 1 pkt 6 i art. 12 pkt 2 ustawy o ochronie danych osobowych).
GIODO umorzył postępowanie w sprawie przetwarzania danych osobowych. W uzasadnieniu wskazał, iż w odniesieniu do zbiorów kościelnych nie przysługują mu żadne uprawnienia. GIODO nie ma prawa wydawania decyzji administracyjnych ani rozpatrywania skarg w sprawach wykonywania przepisów o ochronie danych osobowych.

Wolność wyznania
Tomasz F. skierował sprawę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Są ten w marciu 2013 r. oddalił jego skargę. Natomiast NSA uchyli wyrok I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Wskazał przy tym, że Konstytucja RP w art. 53 ust. 1 i 2 gwarantuje wolność wyznania i religii. Zgodnie z nim wolność religii oznacza wolność wyznawania lub przyjmowania religii według własnego wyboru, w związku z czym przepisy Konstytucji wskazują jednoznacznie na możliwość swobodnego wyboru religii. Tym samym wybór taki, jeśli jest gwarantowany przez przepisy powszechnie obowiązującego prawa powinien być również przez przepisy tego prawa realizowany i taką możliwość potwierdza ustawa o wolności wyznania. W związku z powyższym wskazywanie wewnętrznych regulacji danego związku wyznaniowego, jako jedynej podstawy do wystąpienia z niego jest niezgodne z przepisami obowiązującego w Polsce prawa.

Brak podstawy prawnej
Zdaniem NSA w  sprawie najistotniejsze znaczenie ma fakt wystąpienia skarżącego z Kościoła Katolickiego, co organ pominął milczeniem, w ogóle nie odnosząc się do tej kwestii. Tym samym nie zostały wyjaśnione wszystkich istotne okoliczności sprawy, w szczególności prawidłowe i skuteczne wystąpienie skarżącego z Kościoła Katolickiego.
Sprawa po raz drugi trafiła do WSA. Sąd w wyroku z 11 marca 2014 r. uchylił decyzję GIODO i orzekł, że nie podlega ona wykonaniu. Przypomniał, że Inspektor nie określił podstaw prawnych wystąpienia z Kościoła i kwestii przynależności do niego skarzącego. Teraz GIODO musi stwierdzić, czy oświadczenie woli o wystąpieniu Tomasza F. jest skuteczne, a jeśli tak, to powinien wydać decyzję wobec proboszcza, aby dane kościelne uaktualnił.

Sygnatura akt II SA/Wa 14/14, wyrok z 11 marca 2014 r.
Patrz też> Proboszczowie odwołują się ponownie do sądów w sprawie adnotacji w księgach chrztu