Szczegółowy zakres, organizację i tryb sprawowania tej kontroli określony został w rozporządzeniu Ministra Finansów z 31 marca 2011 r. w sprawie szczegółowego trybu postępowania w zakresie kontroli wewnętrznej urzędów kontroli skarbowej (Dz. U. Nr 71, poz. 376).
Kontrola wewnętrzna będzie należała do kompetencji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, który realizować ją będzie wyłącznie przy pomocy komórki organizacyjnej wyodrębnionej w tym celu w strukturze urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych i co do zasady prowadzona będzie jako kontrola planowa. Wyjątek od zasady planowości dotyczyć będzie sytuacji, w których Generalny Inspektor uzyska informację o nieprawidłowościach w danym urzędzie kontroli i będzie zachodzić potrzeba weryfikacji takiej informacji.
Kontrolę przeprowadzać będą zespoły kontrolne, których skład określać będzie upoważnienie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Czynności kontrolne przeprowadzane będą w godzinach pracy urzędu, ale w razie konieczności możliwe będzie także ich dokonywanie w dniach wolnych od pracy lub poza godzinami pracy. Przewidziano także możliwość prowadzenia kontroli lub poszczególnych czynności w siedzibie Ministerstwa Finansów.
W celu zapewnienia bezstronności i obiektywizmu w toku kontroli rozporządzenie przewiduje możliwość wyłączenia kontrolującego z czynności kontrolnych. Kontrolujący zobowiązani będą także do przestrzegania przepisów w zakresie ochrony informacji niejawnych i tajemnicy skarbowej. Szczegółowo określone zostały uprawnienia kontrolujących, a także uprawnienia dyrektora kontrolowanego urzędu kontroli skarbowej. W celu wyjaśnienia kwestii wymagających specjalistycznej wiedzy, zespół kontrolny będzie mógł wnioskować do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej o powołanie w charakterze konsultanta pracownika lub funkcjonariusza celnego.
Przebieg i ustalenia kontroli dokumentować będzie protokół kontroli. Dyrektor kontrolowanego urzędu, w ciągu 14 dni od dnia podpisane protokołu, będzie miał możliwość przedstawienia zastrzeżeń albo dodatkowych wyjaśnień odnoszących się do opisanych w nim ustaleń. W razie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień, zespół kontrolny zobowiązany będzie do ich analizy i ewentualnego podjęcia dodatkowych czynności, a następnie do poinformowania dyrektora urzędu o sposobie ich rozpatrzenia.
W terminie 30 dni od dnia podpisania protokołu lub zawiadomienia o sposobie rozpatrzenia zgłoszonych zastrzeżeń, zespół kontrolny sporządzi projekt wystąpienia pokontrolnego do dyrektora kontrolowanego urzędu, w którym dokonywana będzie ocena urzędu, opis dokonanych ustaleń i stwierdzonych nieprawidłowości oraz zalecenia co do sposobu ich usunięcia. Dyrektor urzędu w ciągu 30 dni od dnia otrzymania wystąpienia pokontrolnego będzie zobowiązany poinformować Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej o stanie realizacji zaleceń i określić termin ich wykonania.
Rozporządzenie weszło w życie 12 kwietnia 2011 roku.
Jolanta Mazur