Od 5 maja 2010 r. obowiązuje rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 30 marca 2010 r. w sprawie sporządzania projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000 (Dz. U. Nr 64, poz. 401).
Realizując upoważnienie ustawowe zawarte w art. 29 ust. 10 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2009 r. Nr 151 , poz. 1220), minister środowiska określił:
Tryb sporządzania projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000, obejmuje on:
- ustalenie terenu objętego projektem planu ochrony oraz przedmiotów ochrony obszaru;
- sformułowanie założeń do projektu planu ochrony;
- identyfikację zainteresowanych osób i podmiotów prowadzących działalność w obrębie siedlisk przyrodniczych i siedlisk gatunków, dla których ochrony wyznaczono obszar;
- sformułowanie projektu planu ochrony;
- zaopiniowanie przez dyrektora regionalnej dyrekcji Lasów Państwowych, jeżeli obszar Natura 2000 obejmuje obszar zarządzany przez Państwowe Gospodarstwo Leśne Lasy Państwowe lub dyrektora urzędu morskiego, jeżeli obszar Natura 2000 obejmuje obszar morski.

Ten sam tryb przewidziano także dla dokonywania zmian w planie ochrony dla obszaru Natura 2000. Określono ponadto zakres prac koniecznych dla sporządzenia projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000. W zakres ten wchodzi m.in.: opisanie granic obszaru w formie wektorowej warstwy informacyjnej, zgromadzenie, zweryfikowanie i uzupełnienie informacji o obszarze i przedmiotach ochrony, wykonanie inwentaryzacji, badań i ekspertyz niezbędnych do uzyskania wiedzy o przedmiotach ochrony, ocena stanu ochrony przedmiotów ochrony oraz istniejących i potencjalnych zagrożeń. W oparciu o zebrane dane ustala się warunki utrzymania lub odtworzenia właściwego stanu ochrony oraz działania ochronne ze wskazaniem podmiotów odpowiedzialnych za ich realizację.