Zmiany w przepisach dotyczących podatku akcyzowego związane są z zastąpieniem działających obecnie dowództw rodzajów Sił Zbrojnych dwoma dowództwami strategicznymi tj. Dowództwem Generalnym Sił Zbrojnych, które nie będzie miało statusu jednostki budżetowej oraz Dowództwem Operacyjnym Rodzajów Sił Zbrojnych.

W przepisie definiującym organ wojskowy zmianie ulegnie zakres podmiotowy. Wskazano również organy podatkowe właściwe miejscowo dla obsługiwania wniosków w sprawie zwrotu akcyzy, zapłaconej przez organ wojskowy z tytułu nabycia w kraju wyrobów akcyzowych (paliw i energii elektrycznej) na rzecz sił zbrojnych państw będących stroną Traktatu Północnoatlantyckiego.