1. Wprowadzenie
Od dnia 1 kwietnia 2009 r. wkłady niepieniężne (aporty) wnoszone do spółek prawa handlowego i cywilnego podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT na zasadach ogólnych.
Ustawodawca przewidział jednak pewne wyjątki od tej zasady ogólnej.
Wyjątkiem od zasady ogólnej jest wyłączenie z opodatkowania podatkiem VAT czynności wniesienia aportu w formie całego przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa.
Czynność transakcji zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W związku z tym faktem wniesienie aportem zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie wymaga udokumentowania fakturą VAT, nie wymaga też ustalenia sposobu opodatkowania, tj. stawki podatkowej, podstawy opodatkowania, czy daty powstania obowiązku podatkowego.
Czynność w takim przypadku dokumentowana jest umową. Zbycie przedsiębiorstwa, w świetle ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. - Kodeks cywilny (Dz. U. Nr 16, poz. 93, z późn. zm.) - dalej k.c., powinno być dokonane w formie pisemnej z podpisami notarialnie poświadczonymi. Jeżeli przedmiotem aportu będzie zorganizowana część przedsiębiorstwa w skład, której będą wchodzić nieruchomości, to ich własność powinna być przeniesiona aktem notarialnym.

2. Opodatkowanie podatkiem VAT czynności wniesienia aportu

Do końca listopada 2008 r. czynność wniesienia aportu niezależnie od tego, co było przedmiotem aportu, objęta była zwolnieniem od opodatkowania.
Zwolnienie to wynikało z przepisów rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r., w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970, z późn. zm.).
Przepisy powołanego rozporządzenia w § 8 ust. 1 pkt 6 regulowały, że zwolnione od opodatkowania podatkiem VAT są wszelkie wkłady niepieniężne (aporty) wnoszone do spółek prawa handlowego i cywilnego.
Z dniem 1 grudnia 2008 r. w życie weszło rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1336). Regulacje powołanego rozporządzenia wprowadziły znaczne ograniczenie w zwolnieniach od opodatkowania wnoszonych aportów.
W przepisach przejściowych tego rozporządzenia przewidziano jednak, że czynność wniesienia aportu przez podatników w okresie od 1 grudnia 2008 r. do 31 marca 2009 r., mogła korzystać ze zwolnienia.

Zatem, zasadniczo do dnia 30 listopada 2008 r., wnoszenie aportów objęte było zwolnieniem od opodatkowania.
W okresie od dnia 1 grudnia 2008 r. do 31 marca 2009 r., wnoszenie aportów mogło korzystać ze zwolnienia na podstawie przepisów przejściowych. Ww. terminie podatnicy, dokonując aportu, mogli, ale nie musieli, stosować zwolnienia od podatku.
Obecnie od dnia 1 kwietnia 2009 r., wnoszenie aportów do spółek prawa handlowego i spółek prawa cywilnego podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, na zasadach ogólnych, określonych w przepisach ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku do towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.) – dalej u.p.t.u.
Przy tym, wskazać należy, że wniesienie aportu podlega opodatkowaniu podatkiem VAT w sytuacji, gdy przedmiotem aportu jest czynność podlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT. Aport, bowiem podlega opodatkowaniu w sposób uzależniony od opodatkowania samego przedmiotu aportu.
Zaznaczyć trzeba, że czynność wniesienia aportu może spełnić przesłanki tak dostawy towarów, jak i świadczenia usług. W zależności od przedmiotu aportu różna może być stawka podatkowa przewidziana dla czynności wniesienia aportu do spółki. Stawka ta jest ściśle powiązana ze stawką podatkową przewidzianą dla konkretnego towaru czy usługi.
Wreszcie, czynność wniesienia aportu podlega lub nie podlega opodatkowaniu w zależności od statusu podmiotu wnoszącego aport. Oznacza to, że aport będzie podlegał opodatkowaniu tylko w sytuacji, gdy wnoszącym aport będzie podatnik podatku VAT. Jeżeli wnoszącym aport będzie np. prywatna osoba fizyczna niebędąca podatnikiem VAT, wówczas brak będzie podstaw prawnych do opodatkowania czynności aportu podatkiem VAT.

3. Aport zorganizowanej części przedsiębiorstwa

Czynność wniesienia aportu przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa do spółki prawa handlowego lub cywilnego zgodnie z regulacjami art. 6 pkt 1 u.p.t.u. nie podlega opodatkowaniu. Zgodnie z powołaną podstawą prawną przepisów u.p.t.u. nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa.
Powyższa regulacja zakłada zupełne wyłączenie z opodatkowania aportów, których przedmiotem jest przedsiębiorstwo lub zorganizowana część przedsiębiorstwa. Innymi słowy, na gruncie u.p.t.u., zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa jest czynnością niepodlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT. Oznacza to, że nie ma tu zastosowania zwolnienie od opodatkowania a wyłączenie z opodatkowania. Ten wydawać by się mogło drobny niuans ma swoje konsekwencje np. w braku konieczności korekty podatku naliczonego w związku z wykonywaniem czynności zwolnionych i opodatkowanych.
Na gruncie prawa cywilnego przedsiębiorstwo definiowane jest jako zorganizowany zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do prowadzenia działalności gospodarczej. Przepisy prawa cywilnego stanowią, że czynność prawna mająca za przedmiot przedsiębiorstwo obejmuje wszystko, co wchodzi w skład przedsiębiorstwa, chyba że co innego wynika z treści czynności prawnej albo z przepisów szczególnych.

W szczególności przedsiębiorstwo obejmuje:
1) oznaczenie indywidualizujące przedsiębiorstwo lub jego wyodrębnione części (nazwa przedsiębiorstwa),
2) własność nieruchomości lub ruchomości, w tym urządzeń, materiałów, towarów i wyrobów, oraz inne prawa rzeczowe do nieruchomości lub ruchomości,
3) prawa wynikające z umów najmu i dzierżawy nieruchomości lub ruchomości oraz prawa do korzystania z nieruchomości lub ruchomości wynikające z innych stosunków prawnych,
4) wierzytelności, prawa z papierów wartościowych i środki pieniężne,
5) koncesje, licencje i zezwolenia,
6) patenty i inne prawa własności przemysłowej,
7) majątkowe prawa autorskie i majątkowe prawa pokrewne,
8) tajemnice przedsiębiorstwa,
9) księgi i dokumenty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej.

W orzecznictwie sądowym podkreśla się, że strony mają swobodę, co do tego, jakie elementy objąć przedmiotem sprzedaży, aportu czy innej czynności prawnej. Zatem, nie wszystkie wyżej wymienione elementy definiujące przedsiębiorstwo muszą występować łącznie, aby można było rozpoznać transakcję zbycia przedsiębiorstwa. W konsekwencji, wyłączenie pewnych aktywów czy pasywów zbywanego przedsiębiorstwa nie powoduje, że przedmiotem zbycia przestaje być przedsiębiorstwo. Wniosek ten należy odnieść w równej mierze do zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Niemniej, wymagane jest by przedmiotem transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub jego części były, co najmniej takie składniki, które determinują funkcje spełniane przez przedsiębiorstwo, bez których dane przedsiębiorstwo nie mogłoby realizować swoich zadań gospodarczych.
Powyższe potwierdza wyrok WSA w Gdańsku z dnia 24 listopada 2009 r., I SA/Gd 494/09. W wyroku tym WSA odniósł się do tego, czy można uznać za zorganizowaną część przedsiębiorstwa, taki zorganizowany zespół składników, wśród których nie ma żadnych nieruchomości. Stanowisko organu pierwszej instancji było takie, że trudno mówić o zorganizowanej części przedsiębiorstwa w sytuacji, gdy w jej skład nie wchodzi żadna nieruchomość ani tytuł prawny do nieruchomości. WSA wskazał jednak, że część przedsiębiorstwa ma charakter zorganizowany, gdy zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, niezawierający prawa do nieruchomości, może stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie wykonujące te zadania.