Utratę zwolnień podatkowych z dniem 1 stycznia 2011 r. w zakresie podatku od nieruchomości, leśnego, rolnego i podatku od czynności cywilnoprawnych oraz opłat (za wyjątkiem skarbowej i o charakterze sankcyjnym) przez zakłady pracy chronionej wprowadza nowelizacja ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych oraz  niektórych innych ustawach.

Środki uzyskane z tych zwolnień, prowadzący zakłady pracy chronionej przekazują na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (10 %) i na zakładowy fundusz  rehabilitacji osób niepełnosprawnych (90 %). Z kolei utracone na skutek zastosowania tych zwolnień dochody gmin rekompensowane są ze środków PFRON. Zmiana tej regulacji ma spowodować zwiększenie bieżących wpływów gmin w miejsce wypłacanych przez Fundusz rekompensat. Umożliwi tez gminom większy nadzór i kontrolę nad egzekwowaniem tych należności i wygeneruje dla PFRON oszczędności wyliczone na 85 mln złotych.

W dalszym ciągu ulgi w zakresie tych podatków przysługiwać będą zakładom aktywności zawodowej, czyli wyodrębnionym organizacyjnie i finansowo jednostkom tworzonym przez gminę, powiat, stowarzyszenie lub inną organizację społeczną prowadzącym działalność gospodarczą i zatrudniającym niepełnosprawnych.

Zakłady pracy chronionej, na cele objęte rygorami pomocy de minimis, zgodnie z przepisami unijnymi, mogą wydać w ciągu 3 lat kalendarzowych kwotę nieprzekraczającą 200 tys. euro, co może powodować powstanie niemożliwych do zagospodarowania nadwyżek. Dlatego w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych wprowadza się nowelizację polegającą na zmianie proporcji przekazywanych środków z tytułu nieodprowadzonych zaliczek na poczet podatku dochodowego (60 % na zakładowy fundusz rehabilitacji i 40 % na PFRON, gdy obecnie jest to 90 % i 10 %).

Jolanta Mazur