Samorządy, w celu realizacji wspólnych przedsięwzięć, zawierają coraz częściej umowy o współpracy. W umowach określają wzajemne relacje i uprawnienia, jednoznacznie precyzując reguły partnerstwa oraz wskazując lidera projektu. Lider jest podmiotem odpowiedzialnym za całość projektu oraz jego rozliczenie. Pozostali partnerzy partycypują w kosztach, przekazując liderowi środki na jego wykonanie w formie dotacji celowej. Po zakończeniu współpracy lider przekazuje partnerom mienie powstałe lub zakupione w wyniku jego realizacji według ustalonych zasad.
Czynności przekazania towarów i usług nabytych w ramach projektu mogą stanowić czynności opodatkowane VAT, albowiem ma miejsce odsprzedaż, za którą lider otrzymuje wynagrodzenie w formie dotacji celowej (por. wyrok NSA z dnia 29 września 2011 r. I FSK 1609/10).
Przedstawiona powyżej kwestia zostanie przeanalizowana przez resort finansów, albowiem dotyczy opodatkowania przedsięwzięć o szczególnym charakterze, będących przedmiotem inicjatywy samorządowej. Minister podkreślił również, że stanowisko sądów administracyjnych nie jest w pełni jednolite.
Warto również zaznaczyć, że ze względu na fakt, iż grupa jednostek samorządu terytorialnego podejmująca współpracę nie posiada zdolności do czynności prawnych, w obrocie podmioty te występują jako odrębni podatnicy.