W przedmiotowej sprawie na podstawie umowy określono zasady wykonania usług budowlano-montażowych. Umowa określała zakres wzajemnych obowiązków i rozliczeń pomiędzy inwestorem, wykonawcą oraz podwykonawcami. Prace zostały wykonane i odebrane stosownymi protokołami. Następnie wystawiono faktury dotyczące tych prac. Później została ogłoszona upadłość wykonawcy, a jeszcze później zawarte porozumienie pomiędzy inwestorem, wykonawcą oraz podwykonawcami w zakresie sposobu regulowania wzajemnych należności. W wyniku tego wystawiono faktury korygujące. Pomiędzy podatnikiem a fiskusem powstał spór w zakresie interpretacji skutków prawnych tego porozumienia. W ocenie wykonawcy, porozumienie to może być podstawą wystawienia spornych faktur korygujących. Przeciwstawne stanowisko w tym zakresie zajmuje fiskus, który uważa, że brak jest podstaw prawnych do skorygowania pierwotnych faktur.
Sprawa trafiła do NSA. Zdaniem sądu w żadnej mierze nie można uznać za podstawę do dokonania korekty wystawionych faktur umowy cywilnoprawnej pomiędzy inwestorem, wykonawcą a podwykonawcami. Nie można bowiem na skutek zawartej umowy dokonywać zmian w zakresie już powstałych obowiązków podatkowych, korygować je, wpływać na wysokość podatku od towarów i usług. Skoro bowiem zostały wykonane usługi budowlano-montażowe, to w konsekwencji powstał obowiązek podatkowy. Ten zaś nie może być modyfikowany poprzez zawartą później umowę cywilnoprawną. Obowiązek podatkowy powstaje bowiem z mocy prawa na podstawie ustawy o podatku od towarów i usług. Zdaniem sądu strony tej umowy w istocie dążyły do zmodyfikowania swych obowiązków podatkowych, które przecież powstały z mocy prawa.
Wyrok NSA z 13 września 2013 r., I FSK 1197/12