W przedmiotowej sprawie pracownik naukowy bierze udział w projekcie badawczym realizowanym w zagranicznym ośrodku naukowym. Środki finansowe obejmują "koszty podróży" pomiędzy miejscem zamieszkania a miejscem realizacji zadania oraz "koszty pobytu" związane z pobytem w zagranicznym ośrodku naukowym uczestnika programu i członków jego rodziny.

Według podatnika środki przeznaczone na koszty pobytu podlegają opodatkowaniu tylko powyżej wysokości diet oraz innych należności przysługujących pracownikowi i członkom jego rodziny za każdą dobę pobytu w podróży w celu realizacji zadania.

Organ uznał to stanowisko za nieprawidłowe. Jego zdaniem nie ma podstaw do uznania by podróż opisana we wniosku mogła być podróżą służbową, zleconą przez pracodawcę, bowiem pracodawca udzielił wnioskodawcy urlopu szkoleniowego na czas wykonania zadania. Zdaniem organu powyższa okoliczność przesądza o tym, że środki przekazane na sfinansowanie podróży i pobytu w zagranicznym ośrodku naukowym wnioskodawcy i członków jego rodziny, nie mogą podlegać zwolnieniu od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 16 ustawy o PIT.

Zdaniem organu, o zwolnieniu takim nie może bowiem przesądzać jedynie fakt, że wnioskodawca winien rozliczyć koszty odbytych podróży w oparciu o dokumenty takie jak np. bilety czy rachunki, a środki niewykorzystane musi zwrócić do Ministerstwa. Tym samym organ podatkowy nie znalazł podstaw do uznania, by środki otrzymane przez wnioskodawcę na koszty pobytu podlegały opodatkowaniu jedynie powyżej wysokości diet oraz innych należności przysługujących pracownikowi i członkom jego rodziny w podróży służbowej.

Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu wskazane wyżej warunki, na jakich skierowano naukowca do prac badawczych, odpowiadają warunkom, jakim powinna odpowiadać podróż służbowa. Naukowiec został bowiem wyznaczony do udziału w programie przez swojego pracodawcę (pracodawca wydał polecenie wyjazdu), miał wykonywać określone przez niego zadanie (udział w programie badawczym) przez określony czas poza miejscem stałego zatrudnienia. Udział w programie badawczym miał w związku z tym cechy podróży służbowej. Nie stoi temu na przeszkodzie okoliczność udzielonego urlopu szkoleniowego.

Wyrok NSA z 12 października 2012 r., II FSK 309/11