Ministerstwo Finansów popiera działania, które zmierzają do racjonalizacji systemu zachęt fiskalnych. Aczkolwiek zdaniem ministra wyjaśnienia wymaga sposób wprowadzenia nowego rozwiązania do obecnie przyjętego w podatkach dochodowych systemu zachęt podatkowych mających na celu wsparcie działalności innowacyjnej. W tym zakresie nie zostały wskazane dalsze propozycje co do kierunku modyfikacji przepisów regulujących ten obszar, pomimo iż regulacje te zostały negatywnie ocenione.

Niejasny jest także sam kształt proponowanej ulgi, tj. czy ma ona zmierzać do podwójnego odliczenia wydatków kwalifikowanych – najpierw jako kosztów uzyskania przychodów (100 proc.), a następnie jako odpisu od podatku (126 proc.), a także jak należy rozumieć pojęcie wydatków kwalifikowanych. Ponadto nie wskazano wyraźnie zakresu podmiotowego proponowanej ulgi. Wątpliwości budzi również propozycja wprowadzenia tzw. instytucji certyfikującej, która wydawałaby opinię wiążącą dla organów podatkowych.